企业、公共研究机构、企业之间相互关系和结构的总和，同样体现了区域创新资源的组合结构。基于产业组织的创新体系模式，就是在研究分析并确立产业内部企业之间的关系结构的基础上，寻求创新资源在同一产业内部企业间的合理配置。从而实现企业在市场机制作用下，既充满创新活力，实现有效竞争，又充分利用规模经济性，避免过度竞争带来的低效率。

产业组织和竞争形式的变化，使企业参与分工协作和竞争的同时，其创新网络——创新体系的结构和功能也发生重大调整。服务于生产方式的、以企业为单元的具有竞争形式的创新体系，转变为服务于企业群、企业联盟之间的竞争的以产业为中心的产业创新系统和产业创新集群。在这一背景下，一方面，创新资源要素分别属于不同的企业和创新机构，属于知识创新、技术创新、技术转移应用等系统；另一方面．这些创新要素又面向特定产业服务，具有特定的目的性创新要素按服务的方向，可分为一系列面向特定产业和目标的创新链。这些特定的创新链就是产业创新系统。面对产业组织的这一重大变化，不同企业采取了不同的战略。我们可以将区域仓4新体系划分为创新链联盟型模式、自主型模式、配套型模式。
2-3基于空间结构的区域创新体系模式
创新资源的空间布局是指各种创新资源和要素在一定空间区域内的配置．以及这种配置对创新活动的影响。创新资源和创新活动的空间布局与产业布局并不正相关。通常，城市和产业中心是区域创新资源的主要载体，是创新活动的重要舞台。但是．“模块化”革命和国际产业转移的推进使产业发展与区域创新呈现“不对称性”特征。lOCaLHOSt主要表现是，国际产业转移加快了技术研究开发与产品制造的分离，在全球范围内形成了若干以研究开发和核心产品制造为主要功能的创新聚集区，和以零部件加工以及产品组装为主要功能的制造基地、制造聚集区。为垄断创新权益，跨国公司通过公司内贸易、技术锁定等手段．控制技术外溢，使创新密集区和加工制造区间缺少有效的互动。这些区域难以形成自身的创新能力和创新体系，成为创新“空心化”区域。可见，创新资源的区域布局、产业布局是非均衡的。在一定区域内，不同的城市、地域承担不同的创新职能。这些地域间创新资源的分布情况及地域创新互动。就是创新资源的空间结构。
区域创新资源和创新活动的空间结构．是区域创新资源布局的结果，也是区域创新体系的重要特征。根据空间地域(城市、产业中心)间创新资源和创新活动的分布情况和互动，区域创新体系的空间结构模式主要有中心辐射型模式、板块型模式、孤岛型模式3种类型。
2．4基于制度要素的区域创新体系模式
政策制度要素是区域创新体系的重要组成部分。在区域创新体系中，区域创新体系的组织要素是创新活动的载体，是创新活动组织和推进的直接承担者和执行者：而政策制度要素作为社会、政府对创新体系的调控体系，既决定创新体系的总体构架和区域创新的结构、模式，又是创新组织要素问关系的基本规范。在区域创新体系的构成要素中．政策制度要素是确保创新体系有效运行并发挥效能的基本保证。
影响区域创新体系制度要素的关键，是政府与市场的关系。政府是区域创新体系的特殊要素，它是联系组织要素与制度要素的纽带。政府通过制定相关政策措施和制度安排，作用和影响创新组织要素和创新活动，是创新活动的调控主体。根据政府影响创新要素和创新活动的方式及政府与市场的关系．区域创新体系具体又可分为市场主导型、政府推动型和政府——企业联盟型几种模式。
2．5基于发展动力的区域创新体系模式
区域创新体系是一个开放的系统，其在全球化的环境下运行和发展。按照发展动力来看，区域创新体系的模式可划分内生动力型和外生动力性两种基本类型。内生动力型模式的特征，是区域创新主要依靠自身资源，通过内在的创新活动来推进。创新资源主要在区域内封闭流动，形成自我循环的区域创新体系模式。而因国际产业分工和产业转移推动而逐步建立和发展的区域创新体系模式，就是外生增长型模式．主要集中在韩国、台湾地区、东盟各国以及我国的珠江三角洲地区。