检察机关民事行政检察工作自开展以来，经历了十几年的摸索日趋完善，但其相关制度仍就限制了当前民事行政检察工作的发展。
一、民事行政检察申诉案件的日趋减少的案源，造成了民事行政抗诉案件数量的短缺。究其主要原因：一是民事行政抗诉案件的审理时间长、环节繁琐，使一部分当事人对民事行政检察部门失去了耐心。例如，《中华人民共和国民事诉讼法》对基层检察院仅赋予了一审案件提请抗诉的权利，一审案件经过基层检察院受理审查后，还须报请上级院审查后方可决定是否抗诉，程序复杂，耗时漫长，一件案件少则半年，多则一年，方可推动法院的再审程序，导致了申诉人对检察机关失去了耐心。二是法院系统内部制定了相关的案件质量改革措施，从客观上减少了案件的来源，许多法院加大了对法官道德修养，业务素质的培养力度，并将案件质量与考核、个人职务升迁、奖金福利挂钩，提高了法院的案件审判质量，避免了错案的发生，从而减少了民事行政检察申诉的案源。三是《中华人民共和国民事诉讼法》仅对法院判决、裁定错误规定检察机关有抗诉权，但是，抗诉再审后，法院是否改判则缺少相对的监督制约力度，也就是，我们常说的民事行政抗诉案件存在改判难、改判率低的问题，这些现象也极大的损害了检察机关民行抗诉的威信，致使申诉人错误的认为检察机关的抗诉不能制约人民法院，从而对检察机关失去了信心。
二、民事行政抗诉案件改判率低，导致检察监督效果不好。民事案件涉及的法律关系纷繁复杂，存在与法院的认识分歧，难以统一认识，造成了检察机关的抗诉案件常常被法院维持原判，不予改判的结果，给申诉人造成了不良的影响。LocAlHoST
三、创新工作开展难度较大，在最高人民检察院第九届检察委员会第九十七次会议讨论通过的《人民检察院民事行政抗诉案件办案规则》第八章明确规定民事行政检察监督除抗诉权外还具有检察建议的权利。由于法律没有具体的强制性的规定，造成了在司法实践中，法院对我们的检察建议不予理睬，致使检察建议停滞不前，创新工作无法开展。