农业税取消的背景下，乡镇机构改革的问题突显出来。其中最大的问题是许多乡镇原本捉襟见肘的财政收支状况更加恶化。各地方政府采取了许多积极的措施，试图走出财政收支的窘境，中央政府也给地方政府按不同情况给予了专项转移支付，这两方面的努力都有一定的积极意义。
但是，综观已经有的多项改革试验，我们看到还是在短期目标上做文章多，而在长期的根本目标上下力气少。
乡镇机构改革的长期目标是建立民主自治、安定和谐的农村社区；形成高效运转、依法行政的政府权威机构；发育各类民间社会经济组织，向农村社区自主提供部分公共物品，并部分地替代政府职能。实现这样三项具体目标，我们还有许多工作要做。如果没有清晰的改革思路，改革措施就可能与改革的目标南辕北辙，相去甚远。
乡镇机构改革不能把撤消乡镇政府作为目标。有人提出要取消乡镇一级政府是令人怀疑的。公共权威机构的派出制已经被世界*经验所否定，我们不能走回头路。从*学规律看，除非某项公共职能具有高度的专业化性质，否则实行派出制会产生严重的官僚主义弊端。如果一个社区需要综合权威机构，那么，这个机构就必须通过民主的方式来产生。我国不少地方已经进行了乡镇一级民主选举，产生了积极效果。只有在特殊情况下才可以实行“派出制”，例如，如果在乡间有一个大学城，聚集了1万－2万人口，或者设立了一个特殊企业，有几千人口，对这样的社区，许多公共事务通过大学或企业就可以处理，只有少量的公共事务需要大学或企业之外的权威机构来处理，这种情况下，也许需要上级政府派出一个机构来处理某些公共事务。LocalHOst
撤乡并镇的改革绝不能搞一刀切。一些地方撤乡并镇似乎走过了头。撤乡并镇主要目的是为了减少公务人员，节约行政开支。但实际上人的问题并不是根本问题。如果体制不合适，人再少，也是冗员；如果体制合适，多一些人也未必就是冗员。关键要看公职人员是如何产生的，又是如何办事的。此其一。其二，从长期趋势看，村社区是要走向衰落的。尽管这个过程会比较缓慢，但也有某些地方已经出现明显的村社区衰落景象。在村社区衰落过程中，村一级的公共事务将转到乡镇，如果乡镇规模太大，将不方便农民办事，并导致资源浪费。
依靠中央政府的转移支付，只能解决“养人”的问题，不能解决“办事”的问题。取消农业税之后，中央政府承担了一部分弥补县乡财政收支亏空的任务，有关省市则承担了弥补其余亏空的任务。一些省市已经开始为主要村干部发放工资。这些财政救急措施只能临时解决工作人员的生活问题。如果我们要在乡村社区真正大量发展公共事业，向农民提供必要的公共物品，花钱就不是三五百亿的数量。如果不能形成在农民中间动员资金的机制，不仅农村公共基础设施难以建立，连现有的公共设施的维护也会发生问题。在中国历史上，乡村社区的“养人”和“做事”几乎不用政府操心，因为有一套自治机制在那里发挥作用。
近两年，有的地方政府在精简机构方面做了极大的努力，取得了很好的成功经验。湖北等地所做的乡镇机关领导交叉任职改革试点，也卓有成效。机构重叠，职能混乱，权责不清，的确是目前政府机构设置和运转的严重弊端，因此需要在机构设置上做出大胆改革。但是，仅仅开动“设置”是不够的。如果交叉任职导致权力过于集中，连原来简单的制约关系也被搞掉，也有悖于改革的初衷。理顺机构设置，是技术性的改革，解决权力的归属和制约才是根本性问题。
乡镇机构改革归根到底还是要走民主自治的道路。不仅要实行村民自治制度，还要逐步创造条件把自治制度推进到乡镇一级。没有民主自治，就无法形成非货币化的公共品交易的社区合作。没有民主自治，也不可能吸引一大批乡村志愿者进入公共事务领域，不可能把乡村公共活动的货币成本降下来。乡镇机构改革的一切方略都不能背离乡村民主自治的目标。