今年中央颁布1号文件以来，农业和农村发展出现了前所未有的好形势，农业全面丰收，农民增收大幅提高，农业和农村焕发出蓬勃生机。但是近期也发现，随着发展的深入，一些深层次矛盾和问题也随之暴露，使“三农”工作的难度进一步加大，需要引起高度重视，认真加以解决。
一是乡村组织正常运转难。当前，我国乡镇基本都以农业为主，二三产业本身规模都较小而且税收分成占得比重又很低，因此财政收入依靠农业的支持。今年以来，中央实行减免农业特产税和农业税的政策，对广大基层冲击很大，导致乡村两级可支配财力剧减，调研表明目前乡镇财政收支基本都存在缺口问题，少则五六十万，多则三四百万，减免农业税费使乡镇财力面临空前困难，已经影响到乡镇组织的正常运转。特别是乡镇保“吃饭”压力进一步加大，虽然机构改革已大幅精减工作人员，但是乡镇机关工作人员只占财政供养人员的1/5左右，财政保吃饭的压力主要来自教师队伍，所以减压的成效并不明显，减免农业税费使困难的“吃饭财政”运转更加困难。在村级也面临同样问题，取消承包费后，很多村失去了集体收入来源，村干部的基本补贴都难以保证，有些地方已经影响到村级工作的开展。再就是乡村两级事权太多、开支较大，各种事业费如计划生育、教育卫生、民政抚恤、社会治安综合治理等各项开支都是刚性支出，农田水利建设、道路修建、维护等也需要大量资金，减免农业税费，使薄弱的财力支出更加捉襟见肘。应进一步理顺现行财政体制，加大向基层的转移支付力度，同时要按照财权与事权相统一的原则，核定乡村两级事权，减轻乡村两级的额外负担。LocALhOSt
二是公益事业发展难。在一些地区，由于缺少村集体收入，村里以前的农田基本设施维护，小学校舍、敬老院修建维护，五保老人、烈军属供养等公益事业都变得越来越难办。虽然可以实行一事一议，但是实际操作起来很难，因为目前，农民素质提高本身需要有个过程，不少群众对发展公益事业不是很积极，尤其涉及个人利益的事项意见更难统一，结果不少地方公益事业发展停滞不前。此外，乡镇发展大的公益事业项目也很难，比如一些乡镇通过立项，争取到了上级资金扶持，但往往由于地方财政基础薄弱无力负担配套资金，也很难把急需的公益项目真正建起来，如现在实行的“村村通”工程，尽管上级有资金补贴，但是镇村两级的配套资金很难筹措。发展农村公益事业事关长远，应引起高度重视，当前关键要解决好农村有钱办事的问题，鼓励大力发展村级集体经济，增加集体收入；还要积极鼓励社会投资农村公共服务设施建设，如发展农村中小学民办教育，改革乡镇卫生院管理体制，实行“民投、民管、民营”等；同时，上级也要加强扶持和引导，甚至可以考虑从转移支付中拿出一部分专门用于公益事业发展。
三是乡村债务化解清欠难。主要指乡村两级所负债务的化解和对农村集体陈欠的清理工作。当前，乡村两级债务包袱都非常重。债务形成历史原因主要有政府借款或担保投资办企业形成大量债务、各项升级达标、“政绩工程”导致乡村负债、兑付农民基金会股金使乡镇负债、农田水利建设欠款、前些年收取的计划生育保证金，被挪作他用后无钱返还、部分国债转贷资金、债务利息 “雪球”越滚越大等等。现在，乡村两级基本上以保吃饭为主，都缺乏还债能力，好一点的还能保证利息能还上，如果差一些的就只能“滚雪球”利息债务越滚越大。因此，广大干部建议必须提高风险意识，及早着手，加快乡村两级的债务化解工作。一方面要加强管理考核，避免新的债务负担增加。另一方面要本着“分步、逐项、先易后难”的原则加快乡村债务的化解工作，特别要分析债务的成因，明确各级在化解债务上承担的责任。
农村集体陈欠主要由农民常年拖欠农业税费形成，集体陈欠不清理在以前负面影响较小，至多表现为减少村级集体收入，影响村级事业投入和干部工资发放。但农村税费改革后，其造成的不利影响就要大得多，直接影响到村级政权的运转、农村社会稳定等。一些乡镇反映，现在上级三令五申禁止收取税费尾欠，使得欠款户理直气壮，甚至成为炫耀的资本；正常纳税的非欠款户觉得理亏，在心理上非常不平衡，甚至有些群众对集体抵触情绪严重，并且这些现象日益突出，矛盾更加尖锐。在今年的土地清理工作中，一些村就出现了村民要求欠集体款的农户交清陈欠才能参加土地分配的现象，其中个别村竟有85%以上的群众要求村两委先清欠、后分地，而欠款户则以上级政策为依据坚决拒交，致使土地延工作一时陷入僵局。从基层情况看，集体陈欠是群众集体收入的一部分，在处理陈欠问题上应尊重群众的集体意愿，有些该需要清理的还得进行清理。但在具体清理时，可以区别情况、灵活对待，对于特别困难的群众可以召开村民大会协商予以减免或以工代赈的办法逐步缴纳；对于一些有能力而拒不交纳的“钉子户”，可以通过法律的手段来解决，绝不能为一时之策，使集体利益受损失。
四是有些任务指标完成难。不少干部认为乡镇目前状况是“有限的权力，无限的责任”，承担着科技、教育、卫生、文化、稳定、抚恤、防灾救灾等多方面的工作，特别新形势下乡镇工作压力进一步加大，一方面群众的维权意识不断增强，干部工作手段有所弱化，另一方面各级又不断加任务、压指标，造成很多工作烫手难办。如土地延包工作，由于历史原因，长期遗留下来的诸多问题阻碍着延包工作的进度，有些村发包几年或十几年，合同未到期，但收取的土地承包费早已花掉，吃了过头粮退还承包费存在不定期下困难，地收不回来；有些村地面附着物处理存在难度；有些村提出原来土地分配不合理，要求重新分配土地，这些问题牵扯面广、操作难度大，使基层面临很大压力。还有计划生育，现在硬法子不许用，软法子效果又不理想，现在农村一些地方计划生育滑坡很大，“超生”现象开始回头。此外，还有农村合作医疗、养老保险等问题，本来是好事应该办好，但是实际操作起来很难，说好处很多群众都明白，但是真正交钱时候还得跟上做大量的工作。不少干部反映说，这些工作做起来都千头万绪，压力很大，一方面群众不接受阻力大，同时各级又跟得很紧，不停的定时间、定指标、压任务，不少干部认为这是夹在中间两头受挤

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