农村合作经济组织是政府机构在农村的延伸，它在发展农业专业化生产、集约化经营、社会化服务方面发挥了巨大的作用，优势十分明显、但是，由于专业合作经济组织是农村实行新的土地承包政策以后出现的新生事物，是群众自发成立的从事生产和经营的组织形式。因此，有些地方的专业合作经济组织产权模糊，管理混乱，显得不够成熟，成为游离于农民利益之外的半官半商的组织形态，有的甚至成为农民家庭产权的直接侵害者和上级向农民伸手要钱要物要工的铺路石。据调查结果显示，希望依靠集体组织有偿服务和依靠其他专业服务业解决家庭劳力不足矛盾的农户占总农户的比例不足5%。这从一个侧面反映出农村合作经济组织在农村和农民中的信誉度并不高。因此，从某种程度上说，农村专业合作经济组织亟待整顿和进一步完善。
1．专业合作经济组织要坚持“风险共担、利益均沾”的原则。这是合作经济组织得以巩固和发展的关键。合作经济组织的财产归社员所有，其中应有一部分是不可分割的集体财产，利润应按参与额进行分配，严格限制股金的红利率。要坚持民主管理的原则，实行社员一人一票表决制。合作经济组织加工、销售的必须是社员的产品，对专业合作经济组织国家应免交企业所得税，向社员征收个人所得税。
2．农村合作经济组织要修订和完善章程。所有合作社的章程都应以经济合同法、民法及其他经济法规为根本依据，进行修改和完善。牵头、服务部门和农户，都是独立的法人，处于平等地位，应享受国家法律法规所规定的民主权利、履行应尽的义务。因此，各类合作组织章程中，对于入社各方的权利、义务包括违约责任要平等设置、条款清楚、公正合理、措词准确，符合国家法律法规。LOcaLHOSt
3.国家要尽早为农村合作经济立法。在法治社会里，一切经济活动应受法律的规范。但在我国搞合作经济或集体经济已届50年，至今还没有一部专门的合作经济或集体经济法律。由于没有专门法律规范，农业专业合作组织在发展和经营中遇到了一些难以解决的矛盾：合作社法律地位不明确，政府无法对其进行有效的管理，也无法制定和执行扶持政策；合作社的经济利益缺少必要的法律保护，农村合作经济的发展团立法滞后而严重受阻。因此，国家应尽早为农村合作经济立法，使农村专业合作经济组织有章可循，有法可依。