农村全面实行会计委托代理制后，村级的各项财务管理制度得到健全，会计的监督力度得到加强，村民民主监督落到实处，村级财务管理逐步规范化。但也应看到一些问题，如代理中心的内控制度建设、代理会计的素质直接影响到会计监督的力度，村出纳员的素质影响到会计核算的准确性，村班子的素质影响村级经济的运行真实性，代理会计代理和村干部接触多，或多或少要受到村干部的影响，出现制度执行不严格，这些问题都需要审计去监督。因此，代理中心不能代替审计，不能理解为会计监督加强而审计监督可以削弱，相反更应该认为要强化审计监督。
一、会计委托代理制工作对农村审计的影响
会计委托代理制实行后，必然给农村审计工作带来一些影响，其有利方面有：
１、代理制强化了会计监督职能和村民民主监督职能，提高了会计信息质量，有利于降低审计风险，提高审计效率。
２、代理中心集中了村里的会计资料和信息，方便审计部门查阅资料，审计部门花费较少的审计成本即可比较全面了解各村财务收支情况，有利于确定审计对象和审计重点，有利于进行宏观分析和全面评价。
３、代理中心实施会计电算化操作，有利于计算机辅助审计的开展，在实行农经信息化联网后，审计部门与代理中心联网，则能方便地实现事前、事中监督，提升审计层次。
４、实行会计委托代理制后，村里的各财务管理制度得到健全，为审计定性提供了制度参照，对于以往审计中发现的界限较模糊问题的定性，能做到更加清楚、准确，最直接的是“小金库”问题的认定，各村除规定允许其保留之外的账户和资金都应视为“账外账”、“小金库”。LOcAlhOSt
实行会计委托代理制后，农村审计工作也面临着新困难，主要包括：
１、由于审计部门与被审计单位之间增加了会计代理中心，代理中心与被审计单位可能就一些会计核算责任问题相互推诿，使得资料提供、具体事项问询、问题责任认定难度加大。
２、会计核算工作从被审计单位分离出来，因现行审计准则未能涵盖此类情况，由此产生一些新的问题，如由谁对会计资料真实完整作出承诺，由谁签证及怎么签证等，都需要进一步研究和探索。
３、为逃避代理中心会计监督，一些村违纪行为可能更隐蔽，审计查处违纪问题难度加大。
４、由于代理中心会计人员业务素质及其对各村的具体工作、收支项目和工程项目不十分清楚，特别是对村里的专项收支、相似的工程项目、往来账款的核算上出现串户和不够明细，将增加具体审计的难度。
二、会计委托代理制后的审计应对措施
面对会计委托代理制给审计工作带来的影响，农村审计机关应认真研究，及时采取有效措施应对。
（一）规范审计操作程序。实行会计委托代理制后，各村的会计法律主体地位不变，仍是审计通知书的主送单位，负责提供资料和承诺、签证；会计代理中心承担着各单位的会计核算职责，必须积极配合审计机关对各单位的审计；审计通知书同时抄送会计代理中心，被审计单位协助代理中心向审计组提供会计资料。
（二）开展代理会计中心的建设审核。会计委托代理制后，代理中心的内控制度建设、会计代理会计对中心制度的执行、代理会计的业务素质、工作责任心直接影响到村级经济的运行，审计工作既要监督村级经济运行又要监督代理中心运行。要抓好会计代理中心的审计监督，评估中心的内控制度的建立是否有效，使用业务流程等方法测试其制度的执行情况；监督代理会计的业务操作，保证代理会计严格履行会计职责。对代理会计的业务监督可采用抽样审计的方法，每年对每个代理会计所代理的村抽取二至三个村的账进行审计，既要审村里的财务收支情况，又要审代理会计的业务核算规范性，审计报告要专门对代理中心及会计的业务操作作出客观评价，以此来增强代理会计的工作责任心，确保代理中心的规范运行。
（三）加强对会计自理村的审计监督。会计委托代理制后，有少量村因各种原因实行会计自理，审计部门要加强这些村的审计监督，对自理村实行年审制度，每年审计一次村里的财务收支。
（四）深化农村审计工作。坚持“三年一轮审”的农村财务收支审计，重点审计村里的收入情况、往来账款情况、银行账户的收支情况、固定资产管理情况，确保村里各项资产在会计账中准确反映。
在“三年一轮审”的基础上开展村干部经济责任审计，增强村干部的经济责任意识。通过对村里的资产、负债、损益真实性、合法性、效益性情况、遵纪守法、民主理财等情况的审核、检查，以确认村主要干部的工作业绩和存在不足，达到“确认业绩、揭示问题，分清责任，正确评价、完善监督、改善管理、化解矛盾”的目的。经济责任审计可以在任中进行审计，也可以在离任时进行审计。
继续加强重点村专项审计工作。拓展审计业务，提前介入村里的重大工程建设项目，积极参与建设项目的事先、事中审计，为农村经济建设保驾护航。
（五）审计人员要加强学习，提高自身业务素质和*素质，增强服务意识，树立为农民服务、为农村经济服务、为农村稳定服务的意识，积极适应代理制后的农村审计工作，特别是要加强会计电算化业务学习，学会熟练操作会计电算化软件，摸索网上监督的方法，切实承担维护农民和集体经济组织的合法权益的职责。