农业税是我国传统的税种，近半个世纪以来为我国财政收入的筹集做出了巨大的贡献，但在市场经济条件下，对农业税的征收必须重新加以审视和调整。
从农业税施行多年的实际效果分析，农业税立法在价值定位上的重大缺陷导致具体制度的构建和征管效率上面临尴尬境地。从立法理念来分析，肇始于计划经济的农业税带有非常浓烈的行政干预色彩。当时因工商业的不发达，农业税是国家财政最主要的财源。十一届三中全会后，农业税法虽历经几次修改，但注重政府干预和为地方政府筹集财政收入的立法理念仍未改变。在市场经济背景下，过于重视政府干预的规则的施行，已不适应现实的需要。市场经济需要与市场规则相匹配的农业税法律制度。从实施效果上来分析，农业税多年的征收虽然给政府带来丰厚的财源，但同时也是“三农”问题的成因之一。依税收中性原则考察，农业税及各种费用的收取，使农民承受超出其承受能力的负担，导致了农业领域中市场规则的塑造严重滞后，从而阻碍着农业资源的有效配置。
公平是社会主义市场条件下税收制度的灵魂。税法中的公平价值包括横向公平和纵向公平。所谓横向公平，是指所有纳税能力相同的人，应承担相同的税负。纵向公平是指纳税能力不同的人应给予不同的税负。我国现行的农业税条例中，公平价值的缺位不是表现在农业税的不同纳税人之间，而是放在整个所得税的框架内来考察，农业税的纳税人与其他所得税的纳税人之间存在着极大的不公平。首先是征税依据确定的不公平。例如，城镇居民的工资薪金所得在计算税额时有固定的免征额，国际上把这种免征额称为“生计费”，即国家在参与国民收入分配时应关注国民的基本生活的需要。locaLHOst我国绝大部分省份的税收免征额为800元。农业税立法虽然一直强调轻税政策，但对于农民的生计费，现行农业税条例一直没有规定。其次，对不同纳税人纳税能力的定位显失公平。个人所得税对不同收入阶层的税负是依靠累进税率来完成的。而农业税条例对纳税人的纳税能力忽略不顾，在同一区域一律采取统一税率。再次，农业税的税率较之其他税种要高。与其他所得税相比较，农业税的平均税率基本上是属于中上水平，同为所得税的纳税人，农业税纳税人相对税收负担远远超出其他税种的纳税人。公平价值缺位是农业税制度备受垢病的主要成因，也是农民负担问题产生的主要根源之一。
农业税立法的价值缺位使农业税面临恶性循环。一方面农业税收入占财政总收入的份额越来越低，农业支出占财政支出的比重也有逐年下降的趋势。另一方面，即便不计算社会成本和*成本，仅就单纯的征税成本而言，由于税费负担，农村土地抛荒的情形相当严重，且农民自主申报纳税的可能性很小，由此造成农业税的征税成本也极为高昂。因此无论是从理论层面还是从实证层面分析，废除农业税或用一个税种来替代它已成必然。
当然，废除农业税仅意味着一个不利于“三农”问题解决的税种将淡出历史舞台，而并不意味着农民可以不交任何税，否则只会在公平价值问题上矫枉过正。在国外，对农业征税主要有三种方式：一是以农业产品为课税对象，征收流转税，以英美为代表；二是以农业收益为征税对象，征收所得税，以韩国、土耳其为代表；三是以土地为征税对象，对农用土地征收土地税或财产税，以俄罗斯为代表。就我国而言，第一种和第二种方式对于一个国家的税收征管水平、财产监测程度、交易的方式和国民的纳税意识都要求很高，否则就可能造成税收收入的大量流失和高昂的征税成本，从而影响税法的权威性。采用第三种方式即征收农用土地税比较符合我国的现实，理由是：第一，我国的土地为国家所有和集体所有，其他的主体使用土地，都要承担相应的税负，农民也应不例外；第二，土地税一般是定额税率，税赋较低，有利于减轻农民负担；第三，农用土地税的使用可以改变农业税的行业性质，对所有使用农用土地的主体适用，有利于公平价值的体现；第四，对农用土地征税，有利于政府运用税收宏观调控手段来保护耕地资源；第五，我国农民的自主纳税意识还有待提高，弃第一种和第二种征税方式而采取第三种征税方式，对我国而言是务实和恰如其分的选择。
此外，农业税的废除是采取税率逐步下调，还是一次性停征的方式，这虽然是一个技术层面的问题，但由于它既涉及到地方财政资金的安排，又影响着废除农业税这一改革举措推行的实施，理应受到决策层重视。废除农业税应确定一个年限，如为和wto的规则连接，现在学界也比较倾向于5年。同时，为减少财政收入的震荡，废除农业税不应一步到位，而应逐年下调，直至最后一年停征。这样既有利于地方财政的自行消化，又可免于政策推行过程中的强大阻力。