仅没有体现优惠，而且与国内一般工业相比，税率偏高，税负过重，农业产业化龙头企业的税负普遍在6%左右，有的达到8%，而非农企业一般只有4%，一是农产品深加工的增值税销项税率太高，进项税率和销项税率税差过大。国外对食品工业普遍采取优惠税率，如英国、加拿大对食品行业增值税采用零税率，英国对其它行业采用17.5%或5%的增值税税率，加拿大对一般行业采用7%的商品劳务税。我国现行的税制规定，农产品深加工企业的销项税率为17%，进项扣除率为13%，进销两项税率相差4个百分点，生产深加工产品不增值也要缴纳增值税，我国一般加工业增值税销项、进项税率都为17%，农产品深加工业要比其他工业企业多负担4个百分点的增值税。农产品深加工明显处于不平等地位，严重影响资金向农产品深加工业的投入和产业链的延伸，影响了龙头企业更快更好的发展。
4、管理体制的差距。多数发达国家对涉及农业生产、加工、销售各环节的管理职能是统一的，有一个高效、综合一体化的农业管理体制，政府职能侧重于经济调节、市场监管、社会管理和公共服务四个方面，为农业一体化发展提供了有力的宏观管理保障机制。而我国由于旧体制的惯性作用，部门管理权能设置过于分散，现行的农业管理体制与机构设置仍然是生产型管理政府的架构和职能，条块分割严重，将农业与相关产业人为地分开，职能涉及到多个部门，对农产品生产、加工、流通和对外贸易的调控和服务相互脱节，一直未能形成一个高效、综合的农业行政管理机制，难以对农业产业化经营进行有效、灵活、科学的调控，指导和服务。农业产业化经营组织创新的生命力在于突破生产、加工、销售分割的局面，形成一体化经营，因此对旧体制的弊端反应特别敏感，迫切需要改革农业宏观管理体制，转变政府管理职能。
（三）推进农业产业化经营。提高农民进入市场组织化程度的对策研究
十多年来，农业产业化逐渐成为农民进入市场的重要载体。根据党的十六大、十六届三中全会提出的新要求，当前和今后一段时期，发展农业产业化应主要抓好以下工作：
1、培育壮大龙头企业。由于龙头企业在基地建设、技术培训等方面具有公益性，因此扶持龙头企业就是扶持农民。在充分利用市场机制的同时，国家应在增加对农业投资比例的基础上，重点向农业产业化倾斜。商业银行应积极探索龙头企业的担保抵押办法，对收购资金实行统一授信、循环使用，并灵活掌握跨年度使用贷款的起止时间；农业发展银行的服务对象和领域应向龙头企业延伸，将其收购资金纳入封闭运行；国家开发银行应在现有试点的基础上进一步扩大低息应急贷款资金规模，向龙头企业基地发放中长期贷款；农村信用社应积极开展农户小额信贷，适当扩大小额信贷额度，延长发放期限；税务部门可先将食品行业深加工的销项税调整至与粗加工相同的税率。
2、鼓励农民专业合作经济组织的发展。发展农民专业合作经济组织关键是要统一思想认识，消除人们对专业合作经济组织的各种猜测和疑虑，扩大试点。当前应依托优势产业，引导和扶持一批带头人开展专业合作经济组织的试点。应不断完善农民专业合作经济组织的自我发展机制、利益分配机制和民主管理机制，在坚持“民办、民管、民受益”原则基础上，逐步使其成为市场主体。有关部门应考虑研究制定发展农民专业合作经济组织的各项政策，颁布《农民专业合作经济组织法》，解决其法律地位和注册登记问题，明确法人资格和依法成立登记的具体办法；应参照国际通行做法，在农业的各项支持政策中，将农民专业合作经济组织纳入其中，在财政、税收、信贷方面给予具体扶持政策。如：通过培训补助、示范推广补助，公用设施补助等方面给予财政扶持，减免所得税，允许申请小额信贷等。同时，政府也应用足、用活wto中的“绿箱”和“黄箱”政策，帮助农民专业合作经济组织开展市场信息、科技、咨询等方面的服务，更好的满足新时期农村经济发展的新需求。
3、指导涉农行业协会的建设。应坚持“民办、民营、民受益”方向，继续鼓励和支持龙头企业建立各种行业协会、商会，充分发挥其应有的作用。鉴于出口型行业外向程度较高、影响面较大、有一定工作基础，应从现有的协会中选择出口量较大的行业进行行业协会试点，鼓励和支持其率先实行行业自律，并在总结试点经验的基础上逐步推开。应按市场经济规律和国际通行原则，对原有协会进行改造，变官办为民办，逐步将其推向市场，成为由企业和会员自主管理和运作的民间组织。政府有关职能部门应向行业协会适当放权，赋予协会一定的职能，使其真正成为贯彻国家产业政策的中介和政府部门的助手。鉴于涉农行业协会与农民专业合作经济组织一样，具有很大的社会公益性质，政府应对其开展技术推广、教育培训、市场调查、产品展销、国外营销等活动给予适当的扶持。
4、支持各类经纪人和农村专业大户等中介组织在农业产业化中发挥更大的作用。改革开放以来，农村很多地方不断涌现出一大批农民经纪人和专业大户等，反映了现阶段农业生产力水平的要求，与农村双层经营体制相适应。伴随着农业产业化的发展，有的经纪人和专业大户已经由一般农产品运销发展到介入订单农业，大型农机跨区服务、成批量的劳动力转移等多个领域，在开拓农产品市场、搞活流通、组织劳务输出、带领农户进入市场等方面，发挥了重要的组织，协调、带动等中介作用。在一些地方，中介组织和经纪人已经成为联接农户与市场、农户与企业、农户与用人单位的纽带和桥梁，使企业降低了交易成本和风险，农户扩大了信息来源，加强了组织化程度，提高了谈判地位，在推进农业产业化中起到了特有的作用。需要注意和研究解决的问题是，这类中介组织和经纪人队伍发育不够快，运作不够规范，它们的发展还需要得到政府的服务、指导和规范。
5、大力发展订单农业。发展订单农业既是提高农民进入市场组织化程度的重要措施，也是增强龙头组织发展后劲的有效途径。发展订单农业应与农业产品化的基地建设相结合，与发展龙头企业的布局相结合，与在龙头企业和广大农民中开展诚信教育的工作相结合；应逐步规范公司与农户的产销合同，努力提高订单农业的履

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