入社获得社员的资格条件，即是缴纳会费还是缴纳股金；(2)合作经济组织是否经济实体。根据这两项依据分类，合作经济组织可分为两类：
一是协会型。其特征是入会时缴纳会费而不是股金，不是经济实体[8]。它是从事专业生产的农民在技术服务、生产、加工、储运、销售等环节上联合起来建立的社团性合作经济组织。这类协会不以盈利为目的，利益关系比较松散，主要围绕一种主导产品的发展，为农民提供产前、产中、产后服务。
二是合作社型。其特征是入社时缴纳股金，属于经济实体。其性质是劳动者自愿联合的组织，实行一人一票制，民主管理；入股只是取得社员资格，若分红要受到限制(按社员与合作社交易量分红)。合作社不以盈利为目的，把所获得的利润，按交易量返还给农民，这是合作社与其他经济组织所区别的重要特征。它是合作经济组织的典型形式，是借鉴国际合作社基本原则，以为社员服务、保护劳动者利益为宗旨组织起来的合作经济组织。
为了吸引资金，有的合作社开始引入股份制，于是，合作型合作社又演变成两种类型，即：(1)会员制合作社，它是典型的合作社；(2)股份合作制合作社，其特点是在分配上实行按交易额分配与按资分配相结合，对外来资本(股金之外投入的额外资本)和社会资本(非社员的资本)实行按股分红，合作社内部则实行按交易额返还，或两者结合。
这样分类的意义在于，不同的合作经济组织其民事主体地位不同，并采取相应的法律法规加以规范，即：协会型属于社团法人，在民政部门登记，按照社会团体的组织形式进行运作和管理；合作社型属于合作社法人，在工商部门登记，按照合作社原则运作。
在农民专业合作经济组织中，合作社型数量少，而协会型数量多。课题组所到6个省的调查点，只见到了宁夏汉灵渔业联合社和湖南省浏阳市张家店花木合作社2个专业合作社。2001年杭州市农村有各类专业合作经济组织134个，其中专业合作社15个，专业协会119人。根据山东省的抽样调查，截至1999年底，农村各类新型合作经济组织中，合作社占21.9%，农民协会占55.2%，股份合作组织占22.9%。
协会将朝着两个路径发展，一是保持协会性质，不断发展和完善；二是由协会向合作社转型。对于农民专业合作经济组织以专业协会为主的现状，正是合作经济发展的起步阶段。协会型是合作社型发展的重要基础，即可以以发展专业协会为起点，首先培育农民对经济利益的表达能力和民主意识，再逐步形成合作社。协会型向合作社型演进的机理是，协会是松散型的，随着经济的发展，农民对“利益共享、风险共担”的紧密的合作社型的认识逐步提高，要求演进的迫切性渐强。
合作社朝着两个路径发展，一是保持合作社性质，不断发展和完善；二是由合作社发展为股份合作制型。合作社向股份合作制型演进的机理是，合作社面临资本的挑战，一人一票和资本报酬限制原则将制约其吸引资本的能力，而采取股份合作制，可以吸引到外来资本(股金之外投入的额外资本)和社会资本(非社员的资本)，这也正是合作制在新的条件下的创新。有的股份合作型企业还会向公司型企业转变。对于农业而言，因为农业的弱质性和农民群体的弱势特点，决定了股份合作制如同合作社一样，具有广阔的生存空间和发展潜力。但是，对于非农产业，股份合作制企业是一种过渡性组织形式，这是由其产权结构及其运作机制所决定的：一方面，股份合作制企业与合作社相比，允许资本参与分配，增强了吸引资本的能力，这是合作社向股份合作制企业演变的动因。尽管如此，由于股份合作制企业的股权不可转让、不可交易、不能变现，是一种准股权，这也会成为这种制度广为实行的一种障碍。因为社会上人们不愿意投资于一种不能再交易而且本金也无法再收回的金融资产。另一方面，与农村产权制度改革前的集体企业相比，产权明晰，职工的激励机制建立起来，但由于所有权对经营权的约束方式的原因，经营者的激励不充分，资本利益得不到完全保障。虽有个别成功的例子，但从“大数”规律看，这种产权关系在短期内问题不大，因为资本积累的问题还有待充分显现出来，但长期地看则很难成功。这两方面因素的作用，会导致其向以资本为核心的公司制企业演变，这可以从常熟市乡镇企业两次改制过程中得到证实。地处苏南的常熟市在1996年7月至1999年10月对乡镇企业进行的第一轮产权制度改革，将集体企业改为股份合作制企业有915家，占40%，改为股份有限公司和有限责任公司的只有420家、占18.4%，拍卖、转让企业953家、占41.6%。此轮改革实行股份合作制等，将原来产权“归大堆”的集体经济，改为产权明晰到职工个人的集体经济。应当说，这一步的迈出，也非易事。从制度变迁路径依赖性分析，实行维系以集体经济为主的过渡性改革，是因为意识形态在改制中起着决定作用。股份合作制被认定为姓“社”，而这一渐进改革还“赎买”了职工，从而减少了制度变迁的成本。从改制后企业发展实践看，股份合作制企业存在着一些缺陷，主要是因为股权分散，企业形不成核心，不仅在一定程度上抑制了企业家积极性的发挥，而且也束缚着企业家的手脚，企业利益最大化难以实现。由于法人治理结构没有真正建立起来，不少企业董事会、监事会、股东大会形同虚设。这些，使得常熟市乡镇企业在第一轮改制后不久即开始了第二轮改制。在2001年2月开始的第二轮改革中，将股份合作制企业改为股份公司、有限责任公司或个体私营企业，当地称之为“两头转化”。其目的是实现产权、责任、利益明晰到人，建立起新的运行机制。至此，股份合作制企业在常熟市农村消失。需要特别指出的是，股份合作制企业是过渡性组织形式，这一结论对非农产业是成立的(上述关于常熟市的案例也是非农产业)，而对于农业而言，因为农业的弱质性和农民群体的弱势特点，决定了股份合作制如同合作社一样，具有广阔的生存空间和发展潜力。
总之，农民专业合作经济组织将以农民协会为基础，以专业合作为重点，以股份合作为方向，呈多样化发展态势。
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