国家有关财经法规、财务规章制度，认真履行合同，科学、合理、有效地安排和使用创新基金拨款，保证专款专用，严禁截留、挪用。
第二十一条 项目承担企业须对项目资金进行单独核算，并接受有关部门的监督管理和检查。无偿资助项目承担企业，在收到创新基金拨款后作为专项应付款处理，其中：形成资产部分转入资本公积，消耗部分予以核销；贷款贴息项目承担企业，在收到创新基金拨款后作为冲减当期财务费用处理。
第二十二条 省级财政部门、省级科技主管部门对创新基金项目实行定期检查，管理中心实行重点检查。财政部、科学技术部采取委托有关监督检查部门抽查、社会中介机构检查以及社会监督相结合的方式，加大对创新基金实施过程的监督检查力度。
第二十三条 企业在项目执行过程中如有重大违约行为，将终止合同并采取通报、停止拨款、追回项目资金等相应处理措施。需追回项目资金的，由管理中心负责监督企业将未使用的扶持资金如数上缴国库，已形成资产的将资产变现后上缴国库。
凡违反创新基金有关管理办法及国家财经纪律、财务制度的行为，将视情节分别依据国家有关法律、法规的规定处理。
第五章 附则
第二十四条 本办法自发布之日起施行。创新基金有关规定与本办法相抵触的，按本办法执行。科学技术部、财政部《关于印发<科技型中小企业技术创新基金项目实施方案（试行）>的通知》（国科发计字[1999]260号）同时废止。
第二十五条 本办法由财政部会同科学技术部负责解释。

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