机制是保护失地农民利益的保障。完善征地制度的配套机制，主要从以下六个方面入手：（1）完善市场为主导的补偿机制。征地补偿标准的制定必须以土地的市场价值为依据，在考虑到失地农民毕生成本和机会成本的基础上实行公平补偿。（2）完善补偿基金为载体的监管机制。失地农民社保基金的来源主要是征地中土地补偿安置费以及土地转用后的增值收益。失地农民社会保障体系的运行，重在加强社保基金的监管。（3）完善培训为主要手段的就业机制。要强化职业教育和职业培训，帮助失地农民尽快在非农业岗位上就业，对经济特别困难人员，要免费进行转岗职业培训。（4）完善公平为原则的利益分享机制。寻找政府、征地主体、失地农民间最佳的利益联结点，建立健全公平的利益分享机制，是解决失地农民问题的关键。（5）完善医疗、养老保险为主要内容的社会保障机制。应尽快把失地农民纳入城镇社会保障体系，实现与城镇社保的对接。（6）完善再就业为核心的创新机制。按照市场化原则，建立城乡统一的劳动力就业市场，实现城乡统筹就业。
规范政府行为是保护失地农民利益的关键。必须通过立法手段对政府权力进行监督和约束，通过成立独立的土地用途审查机构和征地补偿监督机构，分别对公益性用地和征地补偿标准的实施进行长期监督，一旦发现擅自改变公益性土地用途的违法行为或擅自降低征地补偿标准、挪用征地补偿金的违法行为，应没收其非法收益并对有关责任者进行惩处。同时要改善对地方政府的政绩考核制度，树立正确的政绩观，要将耕地的保护情况、失地农民的满意度等一系列指标纳入政府官员的考核指标之内，根据公开、公平、公正的原则，建立健全土地征用政务公开制度。
增强对失地农民的法律援助是保护失地农民利益的有力武器。失地农民是社会的困难群体，当他们的利益受到侵害时，他们往往没有能力支付维权所需的各种成本（包括金钱、时间、精力、相关法律知识等）。这就要求我们在保障失地农民利益时必须为其提供法律援助。主要通过以下三条途径：（1）积极主动地与失地农民沟通，通过说服教育和提高失地农民素质等方式，强化失地农民的维权意识。（2）通过为失地农民提供法律知识援助，提高失地农民依法维权的能力。（3）通过立法手段降低失地农民的维权成本、简化失地农民维权的程序等方式，降低失地农民的维权门槛。

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