铁路运输业经济体制向“政府主导型充分竞争的市场经济模式”的转变，将成为我国铁路改革的重点和难点。
（一）政企分开
政企分开的过程实际上是纠正政府和企业间的职能错位问题，原来由政府行使的企业职能剥离转交给企业、由企业承担的政府职能和社会职能还给政府和社会的过程。
铁路政企分开有两方面的工作：首先，铁道部门应明确自身的政府职能，使其从政府的行政主管部门向适应市场经济的专业规制机构过渡，回归至宏观调控的职能范围，主要是统一组织、指挥、协调全路运输生产方面的职能，包括：制定铁路行业发展规划和政策法规，检查监督运输安全与服务质量；制定运输市场准入原则及有关市场规划。同时，政府应大力度地削减行政性审批权。其次，铁道部应将铁路运输企业本来具有的权利予以归还，让市场主体自由进出，自主决策，自负盈亏，使铁路运输企业转型为规范的法人实体与市场主体，并拥有法人财产及相应的法人财产权，这有利于提高铁路运输企业的积极性，增强其活力。
（二）破除垄断
铁道部应打破独家垄断经营的格局，消除行政性垄断的非效率。国外铁路规制改革的经验表明，基础设施管理与客货运输经营分离（即“网运分离”）、开放通路权、组建区域性或干线公司、特许权经营、部门制等模式是铁路改革在不同阶段所采取的引入竞争的主要手段。我国铁路应根据中国的国情、路网的结构和客货流特点在不同阶段以不同的方式引入竞争，而且在可以引入竞争的部分，要尽量实现充分的竞争。在铁路系统内部引入竞争的途径主要有两种：一是在客货运输领域引入竞争，如澳洲铁路，即一国铁路路网由一个公司统一经营，但向不同的客货运输公司开放，在同一路径形成不同经营者之间的竞争。二是既有不同铁路公司之间平行路径的竞争，也有在同一铁路公司的同一路径上，以开放通路权的方式而形成的不同铁路公司之间的竞争，如北美铁路。

（三）重组铁路运输企业
中国铁路运输企业的重组应遵循以下管理制度：一是减少管理层次。目前，铁路局、铁路分局二级法人重叠，职责交叉，管理重复，利益冲突严重，因此必须调整。二是铁路局内部机构重组，必须以市场为向导，以落实经营责任、主要是利润责任为原则，客运、货运、基础设施都要实行独立核算，都要承担利润责任，建立完善的现代企业制度。
重组后，新的铁道部是政府机构，担负全部的管理职能，待时机成熟时可与新组建的交通民航等职能相近的部门合并，成立“运输部”统一行使各种运输方式的交通运输行业管理职能。同时，原铁道部在改革中将一分为二，一部分职能部门组建为新的铁道部，另一部分组建为铁路国有资产监管部门。另外，铁路系统内部还应充分具有适度竞争的特色，要积极吸收民间资本和外资参与铁路业的股份制改造，各铁路局分别组建现代股份制公司，各股份公司都是独立的经济实体，自主经营，自负盈亏。待条件成熟后，还应尝试上市。总的来说，重组后的组织结构是：各股份公司在“运”上充分竞争而新铁道部在“网”上充分监管。
（四）引入战略投资者
一个不争的事实是，铁路业基础设施建设的资金缺口是巨大的。为了吸引更多的资金进行铁路业的基础设施建设，政府可考虑吸引铁路系统外部的资本进入铁路。但政府应该加大对他们的激励，以保证这些外部投资者能从铁路业中获得正常的回报和经济效益，形成一个“双赢”的局面。具体有以下措施：
1.对大宗货物运输线路的建设，可以先吸收大用户的资本，使其成为该段铁路的股东之一，不仅可以减免其今后的运费，还可以使其长期获取稳定的回报。这类大用户主要是煤炭业、冶金业和各种大型企业，他们都是铁路大宗货物运输稳定的用户，对铁路货运的需求很大。
2.对于铁路运输业务有较高关联度的公路运输、内河航运、海运、港口运输业务，形成战略联盟关系，可以使其由竞争者转为合作者，共同出资建设运输线路，并获得长期的投资效应。
3.对铁路运输业务的长期用户，应鼓励其成为铁路建设的主资者之一，从长远来看，这些外部投资主体可以获得稳定的收益。
4.对外国的资本，有选择地使其进入中国铁路业，让其参股铁路设施建设，政府可在投资及税收方面给予其优惠的待遇。

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