企业所得税、城市建设维护税和耕地占用税，指明了这些税种在资源环境保护方面的局限性；从非健全性的角度指出水资源税和排污税是我国应补充完善的环境税主体税种。

改革开放以来，我国企业难以投资完成，国家投资就必须要有一定的资金保障。因此必须要开征资源税，筹集资金，促进水资源的合理开发和利用。另外，开征税资源税可以通过市场机制，理顺水资源价格体系，使水资源价格在市场经济中得到真实的反应。
(2)未开征相应的排污税，对于排污行为仍然以收费的形式。目前我国针对排污的主要经济政策是征收排污费。二十多年的实践和发展证明，排污收费制度是我国一项有效的环境管理手段，为治理污染，保护环境作出了积极的贡献。但是现行的排污收费体系弊端日益凸显出来，将难以适应经济可持续发展和复杂环境保护形势，主要表现在：
第一，排污收费标准相比污染治理成本或边际成本明显偏低，不能满足既定控制目标下污染治理总投入的需要。据统计，2006年我国总的污染治理投资(不含运行费用)为2558亿元。占同期gdp的比例为1.23％。要实现预定的污染控制目标，2008年污染治理投资(不含运行费用)需达到5447亿元，在2006年的基础上翻一番，占同期gdp的比例为2.1％；到2010年，污染治理投资需达到10622亿元，占同期gdp的比例为1.5％。因此，要实现预定的污染控制目标，总的污染治理投资额都需进一步加大。另外排污收费标准偏低，对企业的激励作用也不显著，难以让相关企业参与到治污过程中。
第二，排污收费不符合以预防为主的环境保护方向。LOcalHoSt排污收费是一种事后监控的方式，出于企业自身利益和政府部门利益的需要，许多企业宁愿缴纳排污费也不愿从长远的角度出发投资治污。相应的环境保护部门为增加部门收入，对此可能采取“暧昧”或者漠视的态度。我国排污收费和治理费用逐年同时增加也从反面证明了这种利益关系，反映了这项政策的漏洞。
第三，征收排污税比征收排污费更有优势。虽然从经济意义和作用机理上看，收费和征收没有本质的差别，都可以将环境污染的外部成本内部化，但征收排污税比征收排污费更有实际的效率和符合规范市场经济的要求。因此，从长期看，排污费必然面临费改税的问题。
资源环境问题依然是制约我国经济实现可持续发展的瓶颈，相对严峻的资源和环境形势迫切需求新型高效的环境政策。大力推行环境税政策，对已有税种进行结构调整，补充完善相关环境税种，建立了相对完善的环境税体系，必将有助于我国政府实施可持续发展政策，建设资源节约型和环境友好型社会。