公诉案件的监督制约包括事前监督主要是请示汇报、不起诉案件的复议和审批，事后监督包括备案审查、案件质量检查、目标考核。实务中上级检察机关监督的重点是不起诉，而对选择性起诉监督不够。针对于此，应当强化上级检察机关对选择性起诉的监督，把选择性起诉作为事前审查和事后考核的重点。作为配套，我国法律中还应当明确规定上级检察机关对下级检察机关公诉案件的指挥权、职务承继权和案件移转权。
第三，加强法院庭前审查对选择性起诉的监督。在德国，如果检察官滥行起诉时，法官可在“中间程序”中进行驳回。我国的问题在于，法院在庭前对提起的公诉进行审查时未能进行实质性的审核，基本都作形式审查，因此难以起到有效的过滤作用。为了加强法院对选择性起诉的制约，应当强化法院公诉的庭前审查，如果构成公诉程序滥用的，法院应当将其驳回。
第四，加强媒体和网络的监督。新闻媒体被誉为除立法、行政、司法三大权力之外的“第四种权力”，在监督公正司法方面起着重要的作用。例如，在一起台湾政要的贪弊案办理过程中，台湾地区重要的报纸社论、电视媒体均公开指摘台开案承办检察官许永钦有放水吃案之嫌，《联合报》甚至连续五天以二版社论，批评许检察官承办台开案及侦结起诉书中诸多谬误之处，调改会网站亦出现对许检的十二问，质疑他的办案过程与方式。
毋庸置疑，舆论监督是发展社会主义民主法治的重要组成部分，当前全国的许多新闻媒体和网络都很好地发挥了舆论监督的作用。新闻媒体和网络的关注和报道是揭露、防范公诉机关滥用选择性起诉的重要力量， 我们还应当进一步开放新闻媒体，对于促进法治发展具有重要意义。
第五，设立公众审查委员会。我国公检法三机关具有相互分工、相互配合的工作关系，司法机关之间的监督具有先天的不足（尤其还有政法委的协调），因此，对于选择性起诉滥用的防范还应当从体制外加强制约，设立公众审查委员会就是一个可行的措施。前文提到过，2011年9月，包括贺卫方在内的60余名学者和律师齐聚石家庄召开“聂树斌案”研讨会，呼吁最高人民法院和河北省高级人民法院对聂树斌案再审，其实这次研讨会就可以称得上一个公众审查会议。公众审查委员会可应当事人或公共舆论的强烈呼吁而成立，成员可由社会各界知名人士和律师组成，通过进行证据方面的调查形成结论，最终将审查结论提交有关司法机构，由后者根据公众审查结论启动相关司法程序。
最后，加强我国司法机关的独立性。司法机关不应当沦为政治的仆人或者权贵的家丁，为了加强司法机关的独立性，从根本上防范选择性起诉的滥用，目前可行的措施是改变司法机关“条块结合”的管理体制，实行垂直管理，实现司法机关的人事和财政与地方政府脱钩，这无疑已成为当务之急。

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