公司治理结构就是关系者之间建立起有效的激励机制和制衡机制。内部审计作为一项监督与评价机制，自然也成为公司治理结构中形成权力制衡机制并促使其有效运行的重要手段。具体来说，内部审计在公司治理中的基本作用有：
监督职能。内部审计是企业内部的一种独立的经济监督机构，其基本职能理所当然是经济监督。通过审计监督来规范企业的经营行为，使企业自身的经济活动与国民经济整体运行协调一致，从而实现自我约束。企业内部审计监督的着眼点，主要是保护股东或企业的利益，维护企业的合法权益。
控制职能。现在公司投资主体多元化，经营方式多样化，管理层次多级化，跨行业、跨地区、跨国界的企业日渐增多，企业最高管理层不可能对经营管理状况进行经常性的直接检查监督，内部审计作为企业控制系统中的一个重要组成部分，受企业主要负责人的直接领导，能站在企业的全局来分析和考虑问题，能对企业的生产经营活动实行有效的控制。
评价鉴证职能。内部审计熟悉企业生产经营情况，有条件了解和评价企业的产、供、销，人、财、物，内、外贸运转及资源优化配置状况。通过审计，评价企业的决策、目标和计划是否先进可行，经济效益水平高低及其影响因素，经营管理者是否有效地管理了企业资财，并切实履行了其经济责任。通过审计，审计人员可以评价整个企业的生产经营状况，并针对所取得的成绩和存在的问题，提出具有建设性、针对性的评价意见和改进建议，协助高层管理当局更有效地进行管理经营活动。
服务职能。在市场经济中企业面对日益变化的环境，经常会遇到改制、重组等问题，此时，审计可以利用对政策和企业内部经营比较熟悉的优势，在企业改制重组等经营决策中发挥参谋作用；内审在项目实施过程中，对查出的问题予以揭示并提出整改建议，为领导决策提供依据；通过对领导关心的热点问题、管理薄弱的环节和单位开展审计调查，为领导决策提供有价值的信息；利用内部审计接触面广的特点，发挥承上启下的作用，及时把下属单位或有关部门的困难、问题和意见公正地反馈给领导，发挥上下之间信息沟通的作用；在对下属单位实施审计过程中，对存在的经营和管理方面的问题向下属单位提出审计建议。LocaLhosT
内部审计在公司法人治理结构中充分发挥作用的方式和途径主要有：
1、建立合理的内部审计的组织架构，营造良好的审计环境，从各方面
着手强化内部审计的独立性和权威性，以进一步完善企业的制衡机制。从审计的独立性来看，内审机构的地位越高，审计的控制作用就发挥得越好；从有效性来看，内审部门直接由企业管理的最高权力机构领导更便于内审工作的开展。将内部审计机构设置在审计委员会的管理机制之下，独立于经营管理部门之外，具有较强的独立性，使其对经营管理人员实施控制的权威性和有效性成为可能，所以建立审计委员会领导下的内部审计机构是较为理想的内部审计组织形式。
2、扩大内部审计的职能及作用。内部审计的主要职能应从传统的查错防弊的财务审计向为企业内部的管理、决策和效益服务的管理审计转变，应将管理审计与财务审计结合起来，以形成完整的内部审计监督与评价机制。具体工作范围应包括了解财务和经营信息的可靠性和完整性，有关政策、计划、程序、法律和规章制度的遵守情况，资产的安全性、资源利用的经济和有效性、预定目标的完成情况，与之相关的舞弊审计和计算机系统审计也属于内部审计的工作范围。
内部审计的目标应侧重于加强企业管理、提高经济效益。内部审计对企业的管理更熟悉、更了解，更关注企业的效益。将效益作为内部审计追求的目标，将管理作为内部审计的切入点，既符合企业追求市场价值最大化的要求，也可以更好地发挥企业内部审计的优势。
3、提高审计的核心专长与核心能力，以增强内部审计的竞争力。国际内部审计师协会早在20世纪末就指出：我们是改善公司管理水平的力量。我们的业务与其他管理组织相比正逐日增加，如果能继续保持这种势头，我们将成为下世纪的职业，如果我们未能或不能这样做，其他人就会拿走我们所熟悉的东西并取得优势，如果他们取得成功将没有我们的位置。
这段话充分说明了竞争无处不在，企业内部的管理部门之间也存在着业务上的相互渗透，相互兼容，优则胜、劣则汰。企业的内部审计部门要想在竞争中巩固和发展自身的业务，就需要培养自身的核心专长。首先要搞清我们最擅长什么，然后根据企业的整体目标及审计部门所能获得的资料来计划我们该培养和发展哪些专长。目前，内部审计部门普遍在财务监督、工程审核方面具有专业的优势，但这一优势随时都可能被外部审计和内部的业务部门所替代。这就需要内部审计人员具有职业的使命感、危机感和紧迫感，尽快提升我们的业务水平。除此之外，根据国际内部审计发展的趋势，审计部门还需要逐步形成风险预警、效益评估方面的核心业务专长，使内部审计的优势无法被替代。
为了保证内部审计核心专长的发挥，我们还需要不断地培养企业内部审计的核心能力，尤其应该建立合适的人员培训和流动机制。内部审计部门在人力资源的调度方面应有足够的灵活性，要保证审计人员具备适当的专业知识以满足业务发展的需求。要加强专业技能的培训，鼓励审计人员获取相关专业证书，审计人员的构成除财会审计专业人员外，还可配备信息技术、营运管理、法律及其他专业人员。审计团队的成员应该保持合理的流动，审计岗位不应成为企业的“赋闲”岗位，而应成为培养企业骨干的摇篮。
因此，我们必须转变对内部审计的认识，意识到它在公司治理进程中的重要价值，并顺应公司治理发展需要，转换审计职能，拓展内部审计范畴，改革内部审计技术，提升内部审计价值，变革内部审计的管理模式。只有这样，内部审计才能在建立健全公司治理结构方面起到重要作用。