在一个持续经营的企业中，往往同时存在着运行管理（operation）和项目管理（project）这两种主要的管理模式，一些经营管理活动经常采用项目的方式来实现，因此项目管理本身的组织管理方式必然要受到企业的组织结构的影响，不同的企业组织结构、不同的项目组织方式，在项目管理上都有不同的特点。
就组织系统而言，一般可以认为有两种模式，一种是基于职能的划分方式，每一职能部门对应一种专业分工，或者对应一条产品线；另一种是基于项目的，每一个部门或项目组负责一个或一类项目，其责任随着项目的开始而开始，随着项目的结束而结束，这种模式在建筑行业比较典型。在基于职能的组织模式中，也存在项目管理，但往往是局限在职能部门内的，当项目跨越职能部门时，就会出现四种可能的情况：
1、各职能部门派人参加项目，参加者向本部门领导报告，跨部门的协调在各部门领导之间进行，没有专职的项目经理。这种做法是在基于职能的组织结构中最常见的项目组织方式。
2、由各职能部门派协调人参加项目，参加者向本部门领导报告，跨部门的协调在各部门派出的协调人之间进行，没有专职的项目经理。这种组织方式也是基于职能的组织结构中很常见的项目组织方式，其工作效率较前者略高，但和前者一样，由于没有人对项目负责，项目组织效果很有限。但毕竟有了通过非部门领导的协调人之间的横向沟通，所以也把这种组织结构称为弱距阵结构。
3、在上述弱距阵结构的基础上，指定其中的一名协调人作为项目经理，负责项目的管理，其他各部门委派的协调人不仅要向本部门报告，在项目过程中还要向项目经理报告，项目经理有一定的权利安排参加者们的工作。LoCAlHOsT由于项目经理的出现，使项目管理得到了一定程度上的保证，会大大提高项目的工作效率，这种组织结构被称为平衡距阵结构。
4、在上面平衡距阵的基础上，增加与各职能部门平行的专门的项目管理办公室，负责企业内的项目管理，专职的项目经理都归项目管理办公室管理。由于有了专门的组织负责项目管理，项目管理作为企业内的一项任务长期存在，并能够不断地积累、发展，项目经理也不是根据项目临时任命，而是成为常设岗位，这样从组织上、人员上都使项目管理得到了保障。这种结构也称为强距阵结构。
上述四种项目组织的方式都可能会出现在基于职能式的组织结构中，它们对项目管理的支持程度是不同的。特别是在三种距阵式结构中，跨越部门的项目组织与职能部门之间往往会存在着较大的冲突，主要表现在资源竞争、目标期望等方面。例如在人员安排上，职能部门内被委派参加项目的人，往往需要同时兼顾原部门和项目两方面的任务，时间得不到保证。在项目目标上，各职能部门总是希望更多地实现自己所期望的目标，而从整个项目的角度来说，可能更关注整体最优而牺牲部分职能部门的局部利益。在我们的工作实践中经常遇到的这类矛盾，从根本上说，应该从项目管理的组织方式上考虑解决办法，在企业内部形成适应项目管理的组织结构、规章制度和企业文化。这是企业高层领导者需要认真考虑解决的问题。
基于项目管理的组织结构是最适应项目管理需要的。由于项目管理的方法被越来越多的企业做采纳，甚至有的企业也采用项目管理的方法来管理企业的运行，特别是在强调成本管理的企业中，工作任务、岗位职责、资源配置、绩效考核等非常具体明确，则项目管理的方法更容易得到应用。
从一般的职能式组织结构，到弱距阵、平衡距阵和强距阵的组织结构，再到基于项目式的组织结构，项目经理从无到有，跨部门协调效率从低到高，项目管理力度由小到大。因此当项目涉及部门越多，涉及内容越新，涉及各职能部门利益越深，所需协调能力越强，那么就越需要采用更能有效支持项目管理的组织结构。
在项目组内部，其组织结构一般都尽可能采取扁平式的组织结构，这是项目管理的特点所决定的。企业的运行工作具有稳定、重复的特点，而项目则具有临时、独特、逐步优化的特点，因此项目管理过程也往往具有其独特性和未知性。这就更需要面向目标的管理，要让项目的参与者都充分了解项目的目标，并为达到共同的目标发挥各自的作用，项目有关信息在项目组中需要充分地共享。这与传统企业的层级组织结构是有很大差异的。如果说军队是传统的层级组织的代表，那么项目管理的组织方式就更象乐队，演奏者之间都是平等的，大家都清楚地了解整个乐谱和自己的角色，主动配合整个乐队的演奏，通过出色地完成自己的演奏而为整个乐队添色。这是项目管理在管理文化上与传统层级管理的最大差别。