在我国农村，随着资源流转的不断加快，权利的冲突问题日益增多。具体到土地承包经营权而言，由于农民在行使承包经营权时，可能会影响到发包人的权利，所以，农业部根据农村土地承包法，制定了农村土地承包经营权流转管理办法，并将于2005年3月1日起实施。
根据规定，农村土地承包经营权流转应当在坚持农户家庭承包经营制度和稳定农村土地承包关系的基础上，遵循平等协商、依法、自愿、有偿原则。办法明确规定，农村土地承包权流转不得改变承包土地的农业用途，流转期限不得超过承包期的剩余期限，不得损害利害关系人和农村集体经济组织的合法权益。
可以说，农业部的规定解决了农民行使土地承包经营权，进行土地流转时可能面临的诸多问题。譬如，当农民转包或者互换土地时，如果发包人为不同的集体经济组织，必然面临着转包或者互换合同的效力问题。一般来说，未征得合同当事人一方同意，另一方当事人不得转让、转包、互换。农业部将农民行使土地承包经营权的范围限定在同一集体经济组织内部，解决了因为土地承包经营权流转而产生的法律障碍。为农民行使土地承包经营权解决了现实问题。
然而必须指出，这种通过限制农民土地承包经营权流转范围来化解矛盾的做法，可能会最终损害农民的利益。首先，将土地的流转限定在农业用途，固然可以有效地保护农业用地，但是，在农业作为弱势产业，投入产出比与其他产业相比缺乏优势的情况下，可能不利于大规模提高农民的收入。
其次，农村土地承包法中所规定“入股”的权利，农业部严格限定为，“实行家庭承包方式的承包方之间为发展农业经济，将土地承包经营权作为股权，自愿联合从事农业合作生产经营”的权利，或者“其他承包方式的承包方将土地承包经营权量化为股权，入股组成股份公司或者合作社等，从事农业生产经营”的权利。LocAlhosT换句话说，不论是公司化经营，还是合作化经营，土地承包权作价入股，只能从农业生产经营中受益。这和许多经济学家所倡导的农村股份制有很大的出入。坦率地说，由于只能从事农业生产经营，所以，无论农民采取何种组织形式，其最终收益都不会很高。曾经有一些从事农业生产经营的企业为了提高边际收益，在农业生产用地上从事房地产开发，或者以所谓的观光农业为幌子，建立大量的娱乐设施，提高单位土地面积的收益。农业部显然是看到了问题的严重性，所以，将入股经营严格限制在农业生产经营方面。这样一来，除了在一定范围内能够提高农业的机械化作业水平之外，对农民增收并没有太大的帮助。
第三，按照新制度经济学派的观点，交易成本决定着交易的方式和交易的目的。农村土地承包经营权的流转同样存在着交易成本的问题。根据规定，农村土地承包经营权流转需要签订合同，而且以转让方式流转的，还要事先向发包方提出转让申请。农村土地承包经营权流转合同签订以后，还要向发包方和乡镇
人民政府的农村土地承包管理部门备案。在农村交通不便、信息传递不畅的现实大背景下。农业部的规定虽然有利于稳定土地承包经营权流转法律关系，但在客观上增加了农民的负担。多数农民很可能会在法律规范之外，寻求通过成本更低的交易方式实现土地承包经营权的流转。
上述这些问题在短期内可能无法解决。承包土地只能用于农业生产经营是国家的基本国情决定的。由于我国实行农村土地的集体所有制，所以，为了避免土地所有权的转让，在设计土地承包经营权时，不得不将土地承包经营权流转限定在同一集体经济组织内部。而这样一来，使得跨地区的土地承包经营权流转成为泡影。这说明我国农业管理部门在制定土地承包经营权流转制度时，充分考虑到了宪法和法律的规定，从实际出发，试图逐步解决现实生活中存在的问题。但是必须看到，这样的解决方案不可能从根本上改变农民收入增加缓慢的问题，不可能建立科学的农村土地流转法律体系。
笔者认为，解决中国农村土地流转问题必须分三步走：第一，应当改变农村土地集体所有制，将现在分属于不同集体组织的土地收归国有，由国家制定统一的流转法。第二，在承认并且保护现存的农村农民土地承包经营权的同时，逐步调整土地承包关系的当事人，让农民根据自己的实际需要，与统一的政府部门签订土地承包合同。第三，建立非营利性的土地承包经营权流转中介组织，为农民在自愿基础上进行土地承包经营权的流转提供服务。也就是说，在明确土地发包方为国家之后，允许人们跨地区从事土地承包经营活动。
从严格意义上说，土地的承包经营和土地的合作化经营、股份制经营只不过是经营方式的不同。在不能够享有土地流转增值收益的情况下，无论采取何种经营方式，都难以从根本上改变当今农村土地承包经营状况。关键的问题就在于，国家决策部门应当在充分考虑到农民切身利益的情况下，从根本上改革农村的土地所有制，改变对土地承包经营权流转的限制性规定，最大程度上调动农民的积极性。简单地说，作为土地的发包方，今后政府可以通过改变农村土地的用途，设立长期的农村发展基金，改善农民与土地之间的关系，建立长期的农民社会保障体系。