2005年中央1号文件明确提出要提高农业综合生产能力，抓住了解决“三农”问题和实现城乡统筹发展的关键。要提高农业综合生产能力，充分发挥市场微观主体的积极性和创造性虽然重要，但农业作为一个弱质产业，比较效益低，必须加大政府财政支农的力度，建立长效的财政支农机制。
一是建立财政支农资金稳定增长机制，优化财政支农结构。加大财政资金对农业的投入，是提高农业综合生产能力的保障。为此，必须进一步调整国民收入分配结构和财政支出结构，建立财政支农资金稳定增长的机制，优化财政支农结构。具体说：一是提高农业财政资金投入比重。要认真贯彻落实《农业法》，确保各级财政每年对农业总投入的增长幅度高于财政经常性收入的增长幅度。提高农业财政支出占整个财政总支出的比重，各级财政每年应从新增财力中拿出一定份额用于农业。同时，谋划一批农业项目，加大国债资金的投入力度，每年至少从发行的国债数量中拿出25%投资于农业，扩大农业利用国债资金的规模。二是优化财政支农结构。加大“绿箱”支出，农业财政投资要重点支持农村中小型基础设施建设、骨干品种及优势产业带(区)发展、农产品质量提高、农业产业化经营、社会化服务和科研推广、质量安全和检验检测、农产品流通设施、农民培训等方面。特别是要加大财政对农业科研费用支出，支持农业科研和技术推广。要把农业科研投资占农业总产值的比重由目前的0.17％～0.25％提高到0.5％以上，以后逐渐达到1％以上。要在科学划分农业事业单位类型的基础上，对应由国家必保的农业事业单位，特别是中央级农口事业单位和项目给以经费上的切实保证。LOcALHosT应重点支持一批农业基础科学研究、生物工程基础项目的研究，组织联合攻关。要按照公共财政的原则，把农村公共领域的事业建设纳入政府支持范畴，加大对农村基础教育、文体设施、公共卫生和基本医疗服务设施的支持力度，建立有效的农村公共物品供给体系。
二是完善农业生产补贴体系。要提高农业综合生产能力，关键是要提高农业可持续生产能力，这就内在要求进一步完善农业生产补贴体系。针对传统的农产品间接补贴的主要弊端，2003年以来，我国进行了农业生产补贴制度的改革，由向流通领域补贴转向直接向农民补贴。这种直接补贴方式是符合世界贸易组织规则的，现在的问题是补贴的水平还比较低，补贴的结构还不合理，补贴还没有完全落实到农户手里。因此，要提高对农业补贴的效果，就必须进一步完善农业生产补贴体系，抓住粮食流通体制改革的机遇，调整农业补贴方向，将农业补贴的重点从保障农产品生产供给型转向增加农民收入型以完善直接补贴。对农民和农业生产实行直接补贴，这是使目前属于“黄箱”性质的补贴转为“绿箱”政策的一条可行的途径。对农民的直接补贴，要体现保障粮食安全、稳定农民收入的政策目标，补贴的重点是粮食主产区，补贴的范围是种植粮食、对社会提供商品粮的农户和农业生态环境保护补贴，补贴的依据是种粮面积和粮食商品量，补贴的渠道是通过财政部门一次性核算到农户，可直接抵扣应上交的税费。对农业生产的直接补贴，应逐步实施大宗农产品良种推广补贴制度，加速优良品种的选育和推广，降低农产品生产成本，提高质量安全水平，增强我国农产品国际竞争力。为了确保农业生产直接补贴真正到位，要建立完善补贴发放监督和惩罚制度，加强对补贴金发放的监管，对于挪用、套用、贪污补贴金的当事人，要追究法律责任。
三是建立有利于农业综合生产能力提高的税收制度。必须按照建立现代税制和公共财政的要求，取消农业税，逐步减少以至完全取消不应当由农民负担的各种税费项目。党的十六届三中全会后，中央政府已经明确宣布2004年取消农业特产税，从2004年开始每年降低农业税一个百分点以上，五年内取消农业税，最终要建立城乡统一的税制。现在有20多个省市宣布2005年取消农业税，今后更为重要的是要在取消农业税的基础上实施有利于农业综合生产能力提高的税收优惠政策：对农产品加工业实行税收优惠政策，对农业产业化国家级龙头企业，从事种植业、养殖业和农林产品加工业取得的所得，可以实行暂免征收企业所得税，将农产品加工企业进项抵扣率提高到13％，销售自产农产品免征增值税，农产品加工企业研究开发新产品、新技术、新工艺所发生的各项费用，在缴纳企业所得税前扣除；对利用荒山、荒滩、荒地、荒水等“四荒”资源从事农业产业化经营的，给予财政补贴；对于面向国际市场的劳动密集型和技术密集性农产品生产企业和农户实行税收优惠；国家应对照世贸组织《农业协议》的要求，尽快调整农产品出口税费政策，适当提高出口农产品退税率，并且及时退税，对农产品出口企业进口的生产、加工设备和种子等生产资料实行减免税政策，免征出口农产品税费；减免农产品出口企业的检验检疫等费用。