会计集中核算制的建立，为审计工作提供了有利的工作环境，会计资料集中性，银行帐户单一性，会计监督有效性(相对于被审计单位)、核算手段先进性等这些都对提高审计质量和效率，降低审计风险有一定的作用。但会计集中核算又有它自身特点，审计中要注意：
(一)依法定程序进行审计。
一是在下达审计通知书时，对会计责任的双方都要通知，主送被审计单位，还要抄送会计核算中心，同时。通知书还要明确对双方必须审计的事项。并明确指出由被审单位或会计核算中心提供必要的工作条件。
二是由审计客体的双方共同作出承诺。在会计集中核算体制下，对审计事项有关的会计资料其实、完整和其他相关情况需要由被审单位法定代表人和会计核算中心主管会计共同作出书面承诺。
三是审计报告要征求审计客体双方的意见。对被审单位财政财务收支真实性、合法性、效益性审计，特别是审计评价，必然涉及到被审单位和会计核算中心，因此，审计报告在征求被审单位意见时，还必须同时征求会计核算中心的意见。并要求在规定时间内，将其共同的书面意见送交审计组或审计机关。
四是审计意见书和审计决定书要分别情况进行处理。出具审计意见书，既要对被审计单位保证会计工作和会计资料真实、全面、完整的会计责任进行评价，又要对会计核算中心。
会计核算工作真实、完整的会计责任进行评价。因是对两个客体同一审计事项的审计，只需出具一份审计意见书，分别评价双方的责任，在主送被审单位时，要抄送核算中心。审计决定书具有它的特殊性，原则是凡违反国家规定的财政财务收支行为的。LoCALHost对被审计单位要体现
既对事又对人，在处理处罚单位的同时。追究单位负责人的会计责任。属会计核算中心失误的只对人不对事，主要追究责任人的责任。所以审计决定只对被审计单位下。但要抄送给会计核算中心，由会计核算中心配合落实审计决定。对会计核算中心不按规定办理，审核把关不严，出现重大失误的，对会计核算中心的主管机关下达审计建议书，追究责任人的责任。
(二)把握重点审计内容
在会计集中核算体制下。财务管理与会计核算、会计监督职能分开，分别由被审计单位和会计核算中心承担相关责任，审计中就必须明确各自的审计内容。对被审计单位，除在对内控制度、收入真实完整性、支出合规效益性、债权债务真实性、财产物资管理安全性等方面进行审计外，还应侧重对会计核算中心可能监督不到或监督不力的事项进行审计，如收入来源是否合规，是否全部入帐，有无将收入不及时报帐、漏报、瞒报、少报或不报帐，形成单位的“小金库”，搞帐外帐；对支出要看支出结构和效益情况，分析行政成本合理性，是否体现公共财政要求，是否体现社会效益最大化原则；还要着重对各项专项资金使用情况进行跟踪审计，看有无挤占、挪用、浪费现象，以促进财政资金使用效益提高。对会计核算中心的审计主要看会计核算、会计监督有关内部管理制度是否严密有效；会计核算工作是否规范合理；是否符合国家统一会计制度的规定；代为保管的资金是否安全完整。
(三)改进审计方式方法
一是要与财政预算执行审计紧密结合，进一步深化行政事业单位审计，更好地为财政审计服务。二是搞好审计工作的协调，主要是搞好审计机关内部协调。整合审计资源，搞好审计同被审计单位、财政部门、会计中心协调，处理好各方面的关系，从而提高审计工作效率工作质量。三是用现代审计手段装备审计。通过电脑联网，建立被审计单位会计资料数据库，利用审计软件进行审计，实现降低审计成本和审计风险的目的。