农村土地承包经营权证是国家依法确认承包方享有土地承包经营权的法律凭证。它具有三个作用：
1、它是护权证书，起着维护农民土地承包经营权的作用。 农民拥有了《农村土地承包经营权证》，就意味着拥有了证书中规定的集体土地30年的承包经营权。在承包期内除国家或地方建设需要征用土地外，任何单位和组织都不得随意改变承包关系，收回农民的承包地。农民的土地承包经营权受国家政策和法律的保护，当农民的土地承包经营权受权受到侵犯时，农民可以以土地承包经营权证书为依据，依法维护自己的承包经营权。
2、它是有价证书，起着保护农民承包经营土地合法受益的作用 在市场经济条件下，土地承包经营权是一笔有价值的无形资产，农民拥有了《农村土地承包经营权证》就意味着拥有了在承包期内享受国家法津保护的土地承包经营受益权。农户承包经营的土地不管流转到谁的手里，农户都有权从土地流转中获得相应的补偿。土地流转必须坚持自愿有偿的原则，不允许违背农民的意愿强迫农民流转或用行政手段无偿收回农民的承包地。农户土地承包经营受益权同样受国家法律保护，谁想获得农户的承包经营权，谁就必须给农户补偿相应的经济受益。
3、 它是流转证书，起着土地有偿流转有效凭证的作用。在明确所有权、稳定承包权、强化管理权的前提下，中央政策和法律允许和鼓励农户对土地承包经营权实行有偿流转。农户有了《农村土地承包经营权证》，可以此为依据，对所承包的土地依法合理流转。流转的形式可以是转包、租赁、转让、互换。