部门预算是财政收支管理的两项内容之一，是公共财政体系建设的关键所在，也是建设法治、廉政和效能政府的重要内容。加强对部门预算的审计，提高预算执行的严肃性和财政资金使用效益，促进公共财政体系的建立和完善，是审计部门的“第一要务”。我国的部门预算执行审计工作虽然取得了一定的成绩，但还存在不少问题，给部门预算执行审计提出了新的课题，这就需要我们在实践中不断探索。
一、加强部门预算编制审计和部门预算执行审计的有机结合
部门预算审计包括对部门预算编制和部门预算执行两个层面的审计，但在实际操作上，这两个层面的审计容易相互脱节，很难有机结合在一起。部门预算审计如果缺乏综合性，没有点和面的有机结合，审计的综合成效就不可能得到充分体现。要深化部门预算审计，首先要完善财政审计一体化工作机制，对部门预算审计进行统一部署和要求，推进部门预算编制审计和部门预算执行审计的有机结合。一方面，通过制订部门预算审计总体方案，对各部门审计的具体内容进行统一规定，将预算编制和执行两个环节的审计融为一体。另一方面，在对各部门预算编制审计中发现的预算编制中具有普遍性、倾向性的问题进行综合分析的基础上，通过对财政部门审核批复的部门预算执行的总体情况进行审计，探求问题产生的原因，提出改进意见和建议。
二、推进部门预算编制的合理、公平和公开
在对部门预算编制的审计中，审计人员关注较多的是各单位有没有按照规定程序编制预算，预算批复是否及时等，应该说这些问题主要还是程序性的问题，在部门预算改革的起步阶段，关注程序具有普遍性。LOcalhosT但随着部门预算改革的不断深入，审计重点必须从程序性审计向实质性审计转变。
“人员经费按标准、公用经费按定额、项目经费按可能”是部门预算编制的一个普遍原则，由于人员经费和公用经费预算编制按规定基本没有伸缩调控的余地，所以部门预算编制审计的重点是项目经费。在具体审计中，重点要关注以下几个方面：1.审查预算编报是否完整，是否遵循综合预算的原则，将全部收支纳入部门预算的范围。如有上级补助收入的部门是否将这部分收入纳入部门预算；有非税收入的部门单位是否执行收支两条线政策。2.在目前项目经费安排没有具体标准的情况下，重点审查项目经费安排的合理性问题。如：项目经费是否细化到具体单位和具体项目；是否存在过于小和散，不利于发挥财政资金效益；对历年结余资金是否及时安排使用；对于同类型有共性的专项支出可以进行部门之间的横向比较，看项目安排是否公平合理。3.审查项目支出的真实性和准确性，项目经费预算编制依据是否充分，是否存在项目内容和项目经费虚假情况。
建设透明财政，是公共财政改革的方向，财政改革的决策、财政政策和财政管理措施要公开透明，财政预算的编制审批执行，财政政策的贯彻都应该接受社会各界和广大人民群众的监督。因此，对部门预算执行审计要积极探索审计结果公开，不仅要向人大常委会报告，而且要向社会公开，这样才能更有效地推进部门预算编制的合理和公平。
三、强化预算执行的严肃性和效益性
在国库集中收付环境下，执行的是“按预算用钱，按计划办事；先有预算，后有决算”的原则，因此，部门预算执行中昀突出的就是预算执行的严肃性和效益性问题。从近两年对二级预算单位的预算执行审计相关资料来看，一方面，公用经费挤占专项经费的问题较为突出，专项经费使用的随意性很大；另一方面，经费使用中的损失浪费现象具有相当的普遍性，接待费、会议费、考察费、公务用车费用等居高不下，部分支出超标准现象非常严重。因此，部门预算执行审计的重点应该是强化预算执行的严肃性和效益性。在具体操作上：首先，要分析项目支出是否真实、合法。对照财政核定的项目支出内容和标准，有无被挤占、移用或改变用途，是否存在虚列支出、损失浪费现象。在此基础上，将相同或类似的财政支出在不同时期的支出情况进行比较，对财务收支决算数与年度预算数进行比较，分析是否存在差异以及造成差异的原因，以评价有关支出的合理性。其次，对部门预算执行的支出结构全方位多角度进行分析，分析资金投向的合理性和资金使用的效益性。通过对相同或类似的财政支出在不同部门、单位间的支出效果进行比较，对支出绩效进行分析判断。可以重点选择公车费用、会议费、招待费、考察费等费用支出进行纵向比较，分析费用支出的合理性、效益性。同时，对项目安排、项目实施过程及完成结果进行分析，评价项目立项的科学性、资金安排的合理性和资金使用的绩效是否符合预算要求。

四、以政府收支分类改革为契机，全面深化部门预算审计
收支分类改革后部门预算编制的每一笔支出同时列示功能支出和经济支出，一方面，支出功能分类明确了部门花钱做了哪些事，用于哪些职能活动的履行；另一方面，支出经济分类则明确了部门的钱花在了哪些方面，用于哪些具体内容，是会议费还是购买设备等。支出经济分类与支出功能分类从不同侧面、以不同方式规范部门支出活动，这为审计部门在全面掌握财政总体部门预算支出结构的基础上，有选择、有目的地开展部门预算执行审计创造了条件，为审计政府预算管理和审计部门预算管理提供了直接的衔接渠道。
由于支出功能分类和经济分类既是两个相对独立的体系，二者又相互联系，可结合使用。所以部门预算执行审计可以综合运用支出功能分类和经济分类，对既定的部门工作计划任务和单位预算进行分析比较，积极探索绩效审计的新路子。