实质上的独立是指注册会计师与被审计单位之间不存在如曾在被审计单位任职后离职未满两年的、持有被审计单位有价证券等的利害关系；形式上的独立是指注册会计师必须在第三者面前呈现出一种独立于被审计单位的身份。只有在审计中始终保持审计独立性，才能对审计质量有基本的保证。
2、加强业务承接前对被审计单位基本情况的调查了解，降低法律风险。诸如对被审计单位管理当局品行、面临压力、被审计单位经营情况与经营风险、关联方及关联方交易等的调查了解都应当是注册会计师承接业务之前认真对待的工作。在这个过程中，通过与前任注册会计师的沟通可以获取有用的信息，注册会计师应特别注意加以利用，以防止管理当局购买会计政策或故意向注册会计师隐瞒重要信息。
3、出具明晰的审计报告，减少不必要的误解。近些年有不少事务所在审计完毕出具审计报告时经常出具“不清洁”审计意见，比如用带说明段的无保留意见审计报告，把问题藏在说明段中令使用者难以理解。这种行为一方面大大降低了审计报告的使用价值，另一方面也给会计师自身带来了麻烦，因为如果信息使用者利用这一点提起诉讼，事务所即使不败诉，为了应付诉讼也要耗费较大的人力物力，不如用较确定的语言表明态度，也可避免无谓的纠纷。
4、实行会计师事务所的定期轮换制与同业互查制度。轮换制度主要考虑到长期接触会使注册会计师可能与客户形成亲密关系，并对熟悉的事物失去警觉和敏感能力，从而有损审计的独立性。同业复查制度要求每个会计师事务所必须由另一合格的会计师事务所对其质量控制系统的健全性及其执行情况进行调查和评估，目的就是要借助业内注册会计师的技术和经验，对注册会计师的审计质量进行监督。
(二)加强注册会计师诚信建设．制定完善的审计法律法规．改革会计师事务所的组织形式。增强注册会计师的风险意识
1、加强注册会计师诚信建设。诚信就是诚实、守信，即以“己之诚实”换“他人之信任”。一个主体若长期诚实、守信，就形成了自己的信誉。诚实与信誉是两个等价概念(王善平，2002)。“信誉的基础是产权，产权制度的基本功能是给人们提供一个追求长期利益的稳定期和重复博弈的规则”(张维迎，2002)。我国目前注册会计师缺乏诚信的深层次原因是体制弊端与中介机构功能的错位。对于会计师事务所真正脱钩的改革，政府的外部推动是第一位的，要建立中介机构及其从业人员的信用体系，要让严重违法的中介机构及其从业人员从证券行业中彻底出局或者从此彻底丧失执业资格。
2、合理界定审计责任，制定完善审计法律法规。职业责任的合理界定是严格执行审计准则的内在条件，明确了审计职业责任的范围和内容，既为审计职业责任的履行提供了依据，对提高审计执业质量提供了内在保证，也为注册会计师法律责任的界定提供了依据和前提。制定和完善法律、法规是严格执行审计准则的外在强制条件，严格执行审计准则，履行审计人员对社会公众应尽的责任是核心和关键。
3、推行合伙制，提高注册会计师的风险意识。各国中介机构的组织形式主要有三种，即个人、合伙制及有限责任制，其中以合伙制为主要形式。我国的《注册会计师法》里规定了两种形式，即无限合伙制和有限责任制。有限责任制只是一个过渡形式，而目前大约仅有8％到‘10％的事务所是合伙制。我国大多数会计师事务所注册资本金仅为30万元，也就是说会计师事务所违规的最高赔偿也就是30万元。而合伙制则不同，违规一旦被发现，会计师事务所要以其全部财产承担赔偿责任，如果还不足以赔偿，作为合伙人的注册会计师还要以其自家财产承担赔偿责任。这种组织形式显然有助于提高注册会计师的风险意识和自我约束意识，提高审计质量

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