企业制度的建立，历经20年探索实践的内部审计将面临更多的新情况、新要求、新课题。本文对我国实施内部审计的社会现状及所面临的实际问题进行了分析，并就如何搞好内部审计工作提出了一些企业制度的建立，设置适合企业管理特征的内部审计机构。设置内部审计机构既要考虑是否与其它机构的设置相适应，又要考虑与管理相适应，在信息沟通渠道上既能及时向管理当局汇报审计结果、提出审计建议，又能在审计项目的选择上体现管理当局的意志。因此，在现代企业制度下内审机构的设立有以下两种模式可供选择:一是单位内部设置与各业务管理部门并列的独立审计机构，在单位主要负责人的领导下，代表经营者为其加强经营管理和提高效益服务;二是在董事会下设置审计委员会，实行总审计师负责制，独立于企业经营管理层之外，对经营管理层各环节进行审计，负责向审计委员会和董事会报告工作。
(四)优化内部审计资源配置，以适应市场经济和社会发展需要。随着政府职能的转变，政府部门内部审计对下属单位审计的事项将越来越少。只有那些管理公共事业的政府部门，如:教育、卫生、科技等部门，因其管理的单位较多，内部审计职能需要强化。而那些下属单位较少的政府部门内审作用将相对变小，内审工作可由国家审计机关的派出机构执行。同样，企事业单位也应根据客观情况，决定是否设置内审机构。如果虽有开展内审工作的必要，但工作量有限，也可以委托社会审计组织来提供内审服务，而不必设置专门的内审机构。否则，就应该建立内部审计机构，专职从事监督检查工作。
(五)逐步理顺和提高内部审计机构的关系和地位。LOcalhost在领导关系上要提高内部审计机构负责人的地位，以增强内部审计的相对独立性和权威性。在领导关系的选择上要充分考虑审计活动与业务活动、财会部门以及其它管理工作的关系，尽量避免一人既领导财会工作，又领导审计工作，就容易影响审计的独立性。
(六)提高内部审计队伍素质，满足内部审计工作的需要。要强化审计监督机制，就必须有一支高素质、高水平的审计队伍。他们不仅要具有良好的职业道德修养和敬业精神，而且还要具备较高的工作技能和审计理论水平，同时还必须通晓现代企业管理理论和方法。因此，提高内审队伍素质，优化内审人员专业结构，使其来源多源化。既可从高等院校吸引不同专业的学生，又可从会计师事务所、其它行业招聘富有经验的专业人才。同时，还要加强内审人员的后续教育，保证内审人员的业务素质不断适应经济环境的变化。
(七)转移内部审计工作重点，从单纯的查错防弊向促进提高管理水平转变。第一，要开展内控制度审计，评价经营管理内控制度的健全性和有效性，为改进内控管理服务。第二、要开展对专项业务活动的审计，评价其对部门单位决策和规章制度的执行情况和是否达到预定目标。第三、要对部门单位管理活动进行审计，评价其管理职能的发挥情况和各项管理措施的有效性。第四、要积极开展各种经济责任目标审计或离任审计，评价部门单位负责人经济责任的履行情况。