经营第二、三产业为主的股份公司，服务对象成为公司股东而不是全体村民，失去了原先服务农业生产的功能，种地农民与这些公司已搭不上边。
家庭承包经营和集体统一经营难以相互融合促进，有其深刻的历史根源和现实原因：一是集体经济组织大多是在原先生产大队的基础上演变来的，带有浓厚的计划经济体制的行政色彩，与农户既不是平等的利益主体关系，也不是以利益为纽带的经济共同体关系，而是传统的上下级行政关系，导致服务行政化、利益平均化，无法满足农民多样化的服务需求。二是农民对集体经营的认识模糊，过分强调“分”而忽视甚至拒绝集体统一经营，这是造成集体经济统一经营裹足不前的主观因素。三是集体经济的产权不明晰，既可以是经济组织，也可以是村委会这一自治组织，结果集体经济组织既是经济实体又是农村管理组织，难以成为具有明确法人地位的市场经营主体，难以适应市场经济发展的要求。
（三）农村土地经营分散，农业效益增长缓慢
家庭承包制解决了农业生产体制问题，但却没有解决生产与市场的衔接问题，而生产与市场脱节正是制约我国农业进一步发展的主要因素。而人多地少的基本国情决定了家庭承包经营只能实行土地平均分配、好坏搭配，造成了土地的细化和碎化，限制了农业生产的规模效益。
1.小生产与大市场的矛盾突出。单个分散经营的农户，既是生产主体又是市场主体，由于生产规模小、信息不对称、交易成本高等原因，决定了他们既没有足够的热情去关注市场、研究市场，也没有足够的能力去有效地开拓市场、占领市场。因此，在缺乏与市场有效对接的情况下，“农民往往是根据多数人的行动来决定自己的行动，这种从众化的目标选择方式很容易造成一定区域内农户生产行为的复制与同构，引起农业生产与流通的不正常振荡，极易增加农户生产经营的风险”。
2.农业生产难以形成规模经营。农村庞大的剩余劳动力和缺乏有效的社会保障使土地承担着极其重要的就业和社会保障的功能。在第二、三产业发展缓慢和农村剩余劳动力难以实现有效转移的情况下，农民很难割舍对土地的依赖。这就造成了一方面有技术、有经营能力的农户缺乏可以集中的土地，达不到规模经营效益；另一方面没有技术和经营能力的农民只能对土地进行粗放经营，农业的产出效益极低，使有限的土地资源发挥不了应有的作用。1996年全国农业普查资料显示，“我国户均经营3亩以下的农户占农户总数的30%，户均经营3～9亩的占15％，户均经营30亩以上的仅占2%”。我国农户的经营规模不仅远低于欧美等国家的家庭农场，而且不如人均耕地比中国少的日本（日本户均经营面积约16亩，是我国的2倍）。
3.农村土地流转操作困难。尽管《农村土地承包法》对土地流转作出了相应的规定，但由于没有配套的法律文件和可供具体操作的章程来规范农地转让的对象、范围、程序等，限制了土地流转的规模。同时，由于缺乏有效的土地流转机制，农村土地市场发育很不健全，使土地流转既不规范，也难以形成合理的集中。据农业部有关部门统计，“目前以各种形式流转的耕地约占全国耕地总面积的5%～6％，而且多数集中在沿海发达地区，内地流转的耕地仅占1％～2％”。
（四）配套制度建设滞后，农村经营体制效应受到制约
家庭承包经营体制是农村基本的经营制度，是农村各项制度的基础和核心，涉及农村的各个方面，但由于农村各项配套制度建设滞后，家庭承包经营体制的优势难以得到充分发挥。
1．农村社会保障制度建设滞后。目前，我国大多数农村没有建立社会保障体系，土地仍是农民收入的主要来源和生活的重要保障，这种生存保障功能的硬约束，使土地的生产要素功能被弱化，多数承包土地呈现“凝滞化”。有研究人员根据农村固定观测点的资料算了一笔帐：“在我国，50％的农户的土地主要作用是安身立命，土地产出的商品率为零，基本上是自给自足；约35%左右的农户土地总产出中商品率不足30%；只有约15％的农户土地总产出中商品率高于30％”。这说明，如果不能有效地解决绝大多数农民把土地仅用作维护自己生存这样一个根本性问题，恐怕很难实现市场经济意义上的土地流转。之所以大多数外出打工或就业的农民，宁肯撂荒也不肯轻易放弃承包土地，就是因为一旦在城镇谋业失败，土地仍是他们唯一的生存保障。
2.农地征用制度不合理。《土地管理法》规定：“国家依法征用集体土地，按照被征用土地的原用途给予补偿，包括土地补偿、安置补助费及地上附着物和青苗的补偿费。征用耕地的土地补偿费，为该耕地被征用前3年平均年产值的6～10倍”。从中可以看出，国家给集体土地确定的是补偿价值，而不是交换价值，在将集体土地转变为国有土地的过程中，国家转移了巨额的价值，无形中剥夺了农民的收益权，同时由于补偿措施不到位，使很多农民成为务农无地、就业无岗、低保无份的“三无”人员。据统计，“改革开放以来，政府通过征用农地的价格‘剪刀差’，从农民身上拿走了2万亿元人民币”。正是由于对失地农民利益的侵占太多，致使失地农民成为令人关注的社会问题。另据有关研究报告称，“全国失地农民已达4000多万，如果这种征地制度不改变，20年后无地农民的规模将达到1亿左右，将对社会稳定造成巨大危害”。
3.农村融资制度不健全。长期以来城乡分治的二元结构和工农剪刀差，使农村资金大多数向城市流动和集中，农村资金十分匮乏，农民获得贷款非常困难。据测算，“1996-2001年，农村地区通过信贷渠道流出的资金由1912亿元增加到4780亿元，增长了1.5倍。另据实际调查，我国2.4亿个农民家庭，大约只有15%左右从正规的金融机构获得过贷款，85%左右的农民要获得贷款基本上都是通过民间信贷来解决”。而民间信贷又受到种种限制，造成“地下钱庄”和高利贷盛行。同时，由于农村缺乏担保机构，农民最值钱的土地、住房这两样东西又不能抵押，农村融资环境很差，农民贷款难、农业发展缺少资金支持的问题相当突出。据统计，“2002年底，我国所有金融机构的贷款余额中

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