6年农户家庭经营耕地规模面积只有0.52公顷，比1986年减少15．7％，人均耕地更少，而且耕地细碎分割，零散经营。
人地矛盾突出。由于人口绝对数量庞大，中国土地资源虽然丰富，但以人口为分母，又成了贫国。由于我国人口基数大，净增人口多，我国人均土地面积只有0．777公顷，不及世界平均水平的l／3，我国耕地普查面积为1．347亿公顷(20．2亿亩），人均耕地只有1120.6m2（1.68亩），仅为世界平均水平的1/4，全国有666个县（区）人均耕地低于联合国粮农组织确定的534平方米（0.8亩）的警戒线，其中463个县（区）低于334平方米（0.5亩），而且全国2/3的耕地分布在山区、丘陵、高原地区，全国33％的耕地受水土流失的危害。1992-1994年是建国后伴随地产和开发区热而占用耕地较多的时期，三年中分别净减少耕地22．78、32．44、19．47万公顷，超过规定标准的1．35、1．93、1．15倍。1996年全国共设立各类开发区4210个，闲置土地4万公顷。从1957-1995年间，由于修路、建房、娱乐场所用地造成年均减少45万公顷，使良好的耕地迅速锐减。
增产不增收。农民收入问题是新阶段农业发展的一个基本问题。近几年来，随着农村经济的阶段性变化，农村由受资源单重约束变为受市场与资源双重约束，因而中国农民收入下滑，增长缓慢。特别是1998年农民来自农业的收入出现20年以来的首次负增长。由于农产品供过于求、农产品价格普遍下跌、农产品的品种和质量不完全适销对路，增产不增收。1997年以后农民收入增幅逐年下降，1997年与1996年相比由9%降至4.6%，1998年又由4．6%降至4.3%，1999年又由4．3%降至3．8％。农民收入增幅的减少，带来的问题很大：一是制约农民致富奔小康，影响社会的安定团结；二是制约农民对农业的投入，对农业可持续发展不利；三是制约对工业和国民经济发展的拉动，扩大内需受到限制；四是制约农业结构调整，限制了剩余劳动力的转移。
农民负担加重。农民负担反映的是国家、集体和个人与农民之间的利益分配关系。由于四面八方向农民伸手，农民变成“唐僧肉”，挤农业，挖农民，损害了农民的经济利益。各种名目繁多的集资摊派有的竟高达182项，隐形负担过多，明卡以外加暗卡。通过设置各种乱集资、乱摊派、乱罚款、乱附加形式，利用农民交公粮、售农产品、办结婚证、子女入学、宅基地审批，实行搭车收费，雁过拔毛，使农民付出沉重代价。机构臃肿导致农民负担居高不下，群众产生对立情绪，近几年来县(乡)机构呈急剧膨胀之势，几乎每一项工作就有一名书记、乡长分管，乡镇普遍超员，行政人员超编达2/3。从1987-2000年农民负担税收看，存在着四个高于：一是农民的农(牧)业税增长高于农民人均生产总值增长；二是农（牧）业税增长幅度高于工商税增长幅度；三是农(牧)业税增幅高于各项税收的增幅；四是农民人均税负增幅高于全国人均税负增幅。
收入差距拉大。由于农业投入的物化劳动越来越多，农业生产成本上升过快，普遍出现了增产不增收的现象，1988-1996年全国粮食、棉花、油料平均单产量增长27.6%、14．7％、23．0%，收购价格上涨172.7％、272.9%和115.2%,而同期农产品生产资料成本分别上涨146.7％、260．3％和107．3％，生产资料成本的增加，部分抵消了价格上涨给农民带来的收入。在收入减少的同时，东部与中西部农民收入的地区差距日益拉大，1978年东部和中部、西部农民居民人均收入的比值分别为1.23：1和1．26：1，与城镇居民的人均收入比值大致相似，1992年这两个指标分别提高到1.89:l和l.62:1，1998年农民人均纯收入为2162元，与城镇居民的可支配收入相差3200元。农民的消费水平相对下降表现得更为明显。农民收入速度减缓给农业和国民经济带来许多问题，影响了小康目标的实现。农民的购买能力下降，农村市场对国民经济的促进作用难以发挥，农民个人生产性固定资产投资增长不快，制约了农业的快速发展。
剩余农业劳动力增加。我国1952年农业劳动力为18293万人，1998年为49279万人，增长了2.3倍，近几年增长速度更快，目前正以每年1000万人的速度增加。2000年我国人口达13亿，剩余劳动力达2亿人，加上农用机械的使用，剩余劳动力还会大量增加，就业矛盾更为突出。随着生产力的发展，耕地面积又在不断减少，农产品所需劳动力会逐步减少，南方原来1个人1天只能插226．8平方米(0．4亩)稻苗，现在改用插秧机，3人1天可以完成5.3-6.67公顷（80-100亩)，如何安排2亿剩余劳动力就业是一个难度很大的问题。大量的剩余劳动力滞在农村，对农业发展带来许多不利影响：不利于农业规模经营的推进，不利于现代机械化的实现，更不利于农民收入的提高，阻碍了农村先进技术的采用和规模效益的发挥，延缓了农村社会化的进程，使农村生产力维持在低下水平上。
科技水平低。虽然我国坚持“科技兴农”的发展战略，农业科学研究和技术推广在推动农业现代化方面取得了巨大成就，并产生一大批成果，涌现出一批科学家，但与欧美发达国家相比，特别是应用生物工程、转基因技术、培育新的农业品种、发展精准农业、高效低毒农药等方面，还存在一定的差距，远远不能适应农业现代化发展的需要。畜牧业的饲料报酬率比先进国家低30%，猪的出栏率仅为美、德的2／3，林果业、食品加工业的技术差距更大，农产品附加值低，农业科技难以适应农业现代化发展的需要。科技投入的长期不足，严重影响农业科技开发和推广，农产品品质单调和退化现象严重，农业科技成果转化率低，农业教育和服务水平低，农业科技第一线人员短缺，已成为我国农业现代化发展面临的深层次问题，农业粗放型增长方式不适应农业持续发展的客观要求，目前农业科研体制也不合理。而且在9．2亿农村人口中，平均每百个劳动力中，文盲、半文盲达9．56人，小学文化34.49人，初中文化44．97人，
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