公司治理实质是一种机制，其核心是在法律、法规、惯例的框架下，保证以股东为主体的利益相关者利益的一整套公司权利安排、责任分工和约束机制。公司治理是在现代公司制的基本产权结构下对公司进行控制和管理的体系，其设立与发展遵循公司的特征和需要，服从企业经营状况和经济发展水平，并随着企业自身的成长与外部环境的变化而不断改进。
2005年我国股权分置改革启动，2006年1月1日，新《公司法》实施，我国公司治理水平得到了改善，据南开大学公司治理数据库显示，在2007年1 162家上市公司评价样本中，上市公司治理指数均值为56.85，2004年、2005年、2006年治理指数均值为分别为55.02、55.33、56.08。对比四年来中国上市公司的整体治理状况，整体治理水平呈现逐年提高的趋势。主要表现在：⑴政府与企业的关系正在逐步理顺，政府角色和职能有了重新定位；⑵股权结构正在逐步优化，大股东侵占上市公司利益现象受到抑制，中小股东利益保护机制正在形成；⑶公司董事会独立性和重要性有所增强，公司内部制衡机制正在形成；⑷上市公司信息披露形式上渐趋合理，内容日趋完善；⑸法律与监管环境持续改善，外部治理机制不断完善。但综合看，上市公司在公司治理实际行为上的改进远比法律规范方面的进步要小，有些方面并无实质性的改进，因此我国上市公司的公司治理缺陷依然很明显。
一、总体股权结构不合理
从全国来看，我国上市公司第一大股东持股比例平均在40%以上，公司经营管理和资本运作是在不对称的权利结构下进行的。因此，我国上市公司的股权过于集中，处于大股东控制状态，股东由于拥有公司大量股权并进入董事会对经理层的经营活动进行监管，小股东则选择了搭便车。LOcalHOst而纽约证券交易所的上市公司的资料显示，公司股权相对分散，其中个人持股比例高达80%以上。我国公司股权的高度集中，必然会诱发种种弊端，造成上市公司的管理缺乏有效的监管，妨碍科学的公司治理结构的建立，不利于证券市场的健康发展。同时，大量国有股、法人股不能流通，使公司控制权市场难以形成，也是一大问题。
二、股东大会权利弱化
股东大会是股东行使出资人权利的场所，是公司的最高权力机关。而在我国，中小股民投机现象严重，他们只关心自己手中股票价格的涨落，很少关心企业的发展，由于行使权利的意识淡薄和“搭便车”心理，他们从很少参加股东会，股东会基本上由大股东控制，反映着大股东的意愿，而不是全体股东的意思表示。同时，我国《公司法》未对股东大会的有效出席数(或比例数)作出规定，这便使股东大会成了“大股东会”。
三、董事会问题较多
第一，构成不合理。股权代表的构成多是国有股和法人股，很少有小股东代表。另外，董事会人员构成存在内外董事比例失调的现象和内部董事过多的情况。第二，权责不清晰。我国《公司法》对董事长、董事会和总经理的职权作了明确的划分，规定董事长行使职权主要在董事会内，未得到董事会的授权，董事长不得脱离，更不能超越董事会擅自行事。总经理负责日常的经营工作，执行董事会的决策。而事实上，一些董事长不能按法定授权进行有效工作，没有解决好自己在公司的角色定位问题。
四、监事会形同虚设
监事会在现代公司治理结构中的地位随着董事会与经理层权力的不断膨胀而日益重要。我国《公司法》规定了监事会的职权，但过于原则而缺乏可操作性，致使监事会行使监察权无法获得有效的法律保障。第一，监事会成员组成不合理。监事大多为国有法人资产的代表，而非个人资产的代表，致使公司监事会中缺乏真正的资产代表者。第二，监事会不设常设办事机构，职能难以发挥。第三，监事会职权的行使缺乏必要的物质保障和法律保障，如监事会没有独立经济来源和经费，导致其受制于董事会和经理层，从而无法开展正常的监督工作，监事会也就形同虚设。这种情况造成了严重的公司内部人控制，产生了一系列严重后果，上市公司频频发生董事长转移上市公司资产、挪用资金等行为，如啤酒花、诚成文化等上市公司所暴露出来的问题。
五、外部环境的极度不佳
1.公司治理的法制环境不完善
有效的公司治理机制既取决于相关主体的素质和内部治理规则的有效，也在相当程度上取决于社会法制环境。公司治理单靠公司利益各方的自由契约不能保障其公平性，必须靠外在的法律保障。如《公司法》、《证券法》，其他如中国上市公司治理的基本原则和标准、国有股流通的有关规定等。可以说，整个市场经济的法律法规和规则无不与公司治理相关。同时，要对相关的违法行为及违法分子给予严惩。我国目前主要是由《公司法》对公司治理进行规范。虽然新的《公司法》对公司治理结构的规定作了修订和完善，但与国外相比，仍然不规范、不完善。

2.公司外部治理机制发育不全
在我国，以市场为基础的外部治理机制发育不全，主要表现在三个方面：一是银行等作为债权人对公司实施的监控作用较小；二是公司控制权市场对公司实施的监控作用非常有限；三是经理市场不成熟。由于不存在一个真正的经理市场，董事会也无法按资本高效运行的要求选聘合格的经理或更换不合格的经理。在缺乏竞争的市场中，在所有者和经营者之间无法建立起一套有效的信息交换机制，对经理实现激励相容的成本就会很高，经营者冒道德风险的可能性增大。