企业、市场及社会自主治理的关系。政企不分、政社不分、政事不分的问题长期得不到解决，导致地方政府管理的职能和管理行为的越位、错位、缺位现象同时存在。一方面，地方政府还没有完全从经济活动中超脱出来，包揽了许多本该由市场自身承担的经济职能，直接管了一些管不了也管不好的事情。另一方面，许多本来应该由政府履行的职责却做得不够。
2、地方政府存在着信用危机
作为投资软件，信用环境是极为关键的要素，因为投资者首先考虑的是投资安全和风险系数。而在整个社会信用体系中，政府信用无疑居于关键的主导地位，因而政府失信则被认为是最大的风险，是市场经济操作系统中最具破坏性的“病毒”。地方政府的失信不仅导致社会公众对政府的不信任，而且会使大批的外来投资者没有安全感，进而导致大量投资的外逃。

3、地方政府依法行政的意识不强
依法行政不规范现象普谊存在。一是执法主体过多过滥，造成多头执法，交叉执法，一事异罚，一事多罚;二是行政执法目的不明确，把执法作为创收手段，以罚款代替执法;三是执法行为不文明，态度粗暴;
四是执法程序不规范，执法不出示证件，罚款不提供依据，不出示处罚通知书，不开收据等;五是执法人员自由裁量权过大并且标准把握不准，罚不罚，罚多少，全凭个人说了算。这些现象让民众怨声载道，恶化了干群关系。
三、地方政府管理创新的总体思路
1、观念创新
只有从观念上全面创新，才能进一步解放思想，更好地指导具体行动上的创新。LocALHost第一，责任理念。责任意识的缺失以及由此带来滥用权力、违法行政、执法犯法等状况，正急切地呼唤着必须强化公务人员的责任感和诚信意识，并确立一套行之有效的责任机制，使地方政府真正成为责任政府、信用政府。第二，效能理念。由于资源的短缺性，政府必须尽力使各种资源的效用最大化。除了要杜绝可以避免的浪费之外，政府还应该对各种资源进行台理配置。第三，廉洁意识。要求政府员必须奉公守法、清明廉洁，不以自己的职权寻求额外的“租金”。严重的企业组织好的经，例如扁平化。尽量减少政府组织的层次，可以使政府决策部门尽量接近企业和居民，直接为企业和居民服务。由市管县到省管县的转变就是减少行政层次的例子。目前我国已有包括四个直辖市在内的22个省份进行了省管县体制改革，效果良好。另外，我国的政府事业单位也开始分类改革，其目的是为了适应区域经济发展的需妥，提高事业单位的工作效率。改革的经验总是在不断摸索中积累的。不少地方的改革已经取得了成功。例如，深圳市盐田区围绕理顺政府与社区关系以增强政府管理水平和社区自治功能两条主线，通过制度创新，实行城市基层管理全面改革，使社区建设逐渐由政府主导变为社会主导，并在全区范围内全面推行社区居委会直选，以达到并推动社区居委会自治。对于好的经验，可以在全国范围内条件成熟的地方推广。
3、文化创新
为了提高社会成员的素质能力，仅靠物质激励是不够的，精神激励同样需要重视。这就需要政府积极进行文化创新，创造一种积极的社会氛围，鼓励所有社会成员提高自身的素质能力及积极性。关于创新政府文化，戴维.奥斯本和彼得.普拉斯特里克在《摒弃官僚制:政府再造的五项战略》一书中建议采取4c战略:明确政府组织的目标;为绩效创设后果;使组织更加对顾客负责;改变控制的位置和形式。不过他们也承认，除非4c战略成为组织文化的一部分，否则通过4c战略所进行的变革难以持久。一线雇员与基层工作人员是创新的源泉，这是很多美国企业提供给政府的成功秘诀之一。政府应运用意识形态的导向作用，建设社会主义市场经济的道德秩序和以诚信为基础的道德文化。