由侦查机关在侦查阶段自行启动的，由控辩双方当事人依其诉权和法官依职权启动的鉴定程序极少。而从对鉴定制度改革的总体评价的统计中，可以看出鉴定程序的启动问题在所有鉴定制度改革事项中排第三位，仅次于鉴定体制改革和鉴定结论的效力两个事项。由此可见，鉴定程序的启动问题是实践中存在问题较大的鉴定事项之一，也是司法鉴定制度改革的重点问题。
课题组认为，目前我国现行司法鉴定制度中鉴定程序启动问题的症结在于立法赋予了检察官作为控诉一方启动司法鉴定程序的权力，而实践中，公诉机关与侦查机关在追诉犯罪问题上的立场是高度一致的，由侦查机关启动并完成的鉴定程序，一般而言符合公诉机关的利益。因此公诉机关一般不会再自行启动鉴定程序。而作为诉讼控辩中的辩护人一方，立法没有赋予其启动鉴定程序的权利，其享有的只是针对鉴定问题要求法院进行重新鉴定的申请权。而实证研究的数据表明，实践中，辩方当事人向法官提出的该种申请，有相当一部分被法官驳回。由此可见，一方当事人享有权力而怠于行使，一方当事人想要行使而苦于没有权利。正是因为缺乏应有的对抗，使得对立的双方之间在该问题上没有形成交集，享有权力的一方不行使其权力而无损其利益。
自1996年对抗制的积极因素引入到我国刑事诉讼改革中之后，控辩平等对抗的思想日渐深入人心。在司法鉴定程序的启动问题上，控辩权利的不对等直接导致了控辩力量的失衡。因此，在鉴定程序启动的改革问题上，首先要解决的即建立控辩双方平等对抗的鉴定启动机制。根据这一原则，未来的改革可以分为两种思路，第一种思路是取消检察官的鉴定启动权，控辩双方都只是享有鉴定程序启动的申请权，即削减检察官现有的程序启动权，通过控辩双方都无权的方式达到控辩双方的平等对抗。第二种思路是赋予辩护人一方的司法鉴定启动权，使其享有与检察官相同的鉴定程序的参与权，即在检察官基本权利保持不变的前提下增加辩护人一方的权利，以此达到控辩平等的目标。
对于该问题，调研组主要调查了利益相关的检察官和律师群体的意见。对于取消检察官的鉴定启动权问题，呼和浩特市的16名检察官中，有3人认为可以接受这一改革措施，有13人认为不能接受，其中，有10名检察官认为检察机关作为国家机关，应当享有同法院相同的权力；有3人认为实行这一改革措施会导致检察官的工作受制于法官，降低检察工作的效率。在青岛市共有7名检察官选择接受该改革措施，另有20名检察官认为该改革措施不可以接受，其中15人的理由是检察机关作为国家机关，应当享有同法院相同的权力，3人的理由是会导致检察官的工作受制于法官，降低了工作效率，2人的理由是会造成程序的失控。北京市接受调查的51名检察官中，有13名检察官选择“可以接受”，有16名检察官选择“不可以接受，因为检察机关是国家机关，应该享有与法院相同的鉴定启动权”，有18名检察官选择“不可以接受，因为可能会降低工作效率，受制于法院工作”，有4名检察官选择“不可以接受，会造成程序的失控”。综合三地的调研数据，三地接受调查的检察官中，支持取消检察官的鉴定启动权的占24.47；反对取消检察官的鉴定启动权的，占75.53%
从检察官反对取消其鉴定启动权的理由来看，最主要的理由是“检察机关作为国家机关，应当享有同法院相同的权力”（占57.74%)，其次是“会导致检察官的工作受制于法官，降低检察工作的效率”（占33.80%)，最后是“会造成程序的失控”（占8.45%) 。
律师群体对待该问题的态度与检察官相比可谓天壤之别。
在律师群体中，呼和浩特市有23名律师认为这一改革措施非常合理，有4名律师表示反对实施该改革措施。在青岛市，11名律师全部赞同该改革措施。北京市有14名律师认为取消检察官的鉴定启动权非常合理，有9名律师认为此举不合理。综合三地的调研数据，接受调查的律师中支持取消检察官的鉴定启动权的占78.69%，反对取消检察官的鉴定启动权的，占21. 31% 。
这组数据可以说明三个问题：
第一，律师群体与检察官群体在该问题上形成了鲜明的对立，超过70％的检察官明确表示反对取消其鉴定启动权，超过70％的律师表示支持取消检察官的鉴定启动权。说明这一问题的改革与两个司法群体各自的执业利益皆有较大的关系。
第二，与检察官群体各地趋于一致的支持比例相比，律师群体对待该问题在不同地区形成的意见有所不同。北京市有接近半数的律师表示反对取消检察官的鉴定启动权，而青岛市受调查律师则100％支持取消检察官的鉴定启动权。可见，在律师群体内部，对于该问题似乎没有形成完全一致的意见。
第三，从检察官反对取消鉴定启动权的理由进行分析，超过半数的检察官反对取消该权利的理由是“检察机关作为国家机关，应当享有同法院相同的权力”。可见，虽然我国的对抗制改革引入刑事诉讼以逾10年的时间，但控辩双方平等对抗的思想仍旧停留在改革的表面而没有深入到改革执行者的思想之中。这些认为检察机关法律地位优于辩护人一方，不承认控辩审三角诉讼结构的检察官必然会坚决地反对推进控辩平等武装的司法鉴定制度改革。由是观之，在推进司法鉴定制度改革的进程中，最大的障碍并非具体的技术性设计，而是如何使改革的各方接受和顺应改革的理念，只有改革的各执行方真正地接受了改革的理念和原则，刑事司法鉴定改革才能切实地深入进行，达到改革的目标。
上文可见，对于取消检察官鉴定程序启动权这种改革思路，律师群体与检察官群体的意见出现了本质上的分歧。对于保留检察官的鉴定启动权，并且同时相应地赋予辩护人一方相同的鉴定启动权，而不仅仅是现行制度下的鉴定申请权，作为控辩双方的律师群体和检察官群体的态度依然存在差别。
如果赋予控辩双方完全相同的鉴定启动权，呼和浩特市有8名检察官认为不合理，其中有5人的理由是会加大检察官公诉的难度，有2人认为不符合我国的法律传统，有1人认为会增加诉讼成本，使庭审复杂化。有5名检察官认为较为合理，可以接受。青岛市有16名检察官认为不合

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