关于合并会计报表中盈余公积的合并问题，目前有两种处理方法。第一种是依据财政部制定的《合并会计报表暂行规定》，其要点是：(1)母公司对子公司权益性投资项目的数额与子公司所有者权益中母公司所持有的份额相抵消；对于子公司之间相互投资，母公司应当比照上述做法，将权益性资本投资项目的数额与相对应另一子公司所有者权益各有关项目中相应的数额相互抵消。(2)子公司所有者权益各项目中不属于母公司拥有的数额，应当作为少数股东权益，单列一类，以总额反映。(3)所有者权益中未分配利润的数额根据合并利润分配表中期末未分配利润的数额列示。
在合并工作底稿中应编制如下抵消分录：
借：盈余公积
贷：长期投资
少数股东权益(非全资子公司)
这样合并的结果是企业集团合并会计报表盈余公积和未分配利润数额与母公司盈余公积和未分配利润数额一致。其理由是：把合并的企业集团看成一个整体，视同一个企业，除非子公司出现净资产负数和外币报表折算差异。合并后，企业集团的所有者权益各项目与母公司的所有者权益各项目是一致的。但实际并非如此，视同一个企业和一个独立的会计主体和法律主体毕竟是不一样的，因此，该合并方法值得商榷。
第二种是注册会计师全国统一考试指定辅导教材《会计》关于盈余公积的合并处理方法，其理由和要点是：根据我国公司法的规定，盈余公积(包括法定公积金和法定公益金)由单个企业按照当期实现的税后利润(即净利润)计算提取。子公司当期计提盈余公积作为企业集团利润分配的一部分，在合并利润分配表中予以反映和揭示。LocaLhOSt另一方面，子公司当期计提盈余公积作为子公司利润分配的结果，已形成子公司内部积累，从而也形成整个企业集团内部的积累。为了准确反映企业集团内部提取盈公积、内部积累的情况以及集团未分配利润情况，必须将子公司提取的盈余公积作为企业集团提取的一部分予以反映。因此，在合并会计报表中必须再通过抵消分录将已经抵消的提取盈余公积的数额调整回来，既调整合并利润分配表中提取盈余公积的数额，也调整合并资产负债表中盈余公积的数额。如果合并的是全资子公司，调整数为当期全额计提数；如果合并的是非全资子公司，调整数为当期全额计提数按股权比例享有的数额。这两种调整我们可称为“抵消调整”和“恢复调整”，会计分录为：
抵消调整：
借：盈余公积
贷：长期投资
少数股东权益
恢复调整：
年初：
借：期初未分配利润(同时调整合并利润表)
贷：盈余公积
当期：
借：提取盈余公积(同时调整合并资产负债表未分配利润)
贷：盈余公积
实际上，上述两种方法的唯一区别在于对子公司提取的盈余公积予以恢复，也就是盈余公积的合并是将盈余公积按股权比例计算后简单相加。
假设某企业集团由甲、乙、丙三家公司组成，均系当年新成立企业，乙公司和丙公司为甲公司的全资子公司，三家公司当年均无纳税调整，分别盈利1000万元、400万元和600万元，分别按10%计提盈余公积100万元、40万元和60万元，其余利润全部分配完毕(假设集团内部当年没有任何内部交易)。
根据第一种方法编制的合并会计报表部分项目余额和发生额如下：
合并资产负债表： 应付利润900万元
盈余公积100万元
未分配利润0元
合并利润表： 净利润1000万元
合并利润分配表： 提取盈余公积100万元
应付利润900万元
未分配利润0万元
对合并结果的理解：甲公司当年盈利1000万元，完全来源于对乙公司和丙公司的投资收益，企业集团的1000万元利润全部来源于乙公司和丙公司，所以对外可供分配利润为1000万元，提取盈余公积100万元，对外分配900万元，这种理解完全符合常理，而且企业集团不存在末弥补亏损。但这种方法暗示了一个问题，即子公司提取的盈余公积是可以分给母公司的，并且是已经提前作为利润分配了，这样才能保证母公司有可供利润分配的来源，这就和盈余公积的使用产生了矛盾。因为甲公司只能从乙公司和丙公司分来900万元，而母公司是以1000万元作为分配基数，事实上已超前分配，只是会计报表未作为利润分配反映出来，而是通过合并报表减少了盈余公积，这显然不符合利润分配处理方法，因此，该合并方法值得商榷。
根据第二种方法编制的合并会计报表部分项目余额和发生额如下：
合并资产负债表： 应付利润900万元
盈余公积200万元
未分配利润-100万元
合并利润表： 净利润1000万元
合并利润分配表： 提取盈余公积200万元
应付利润900万元
未分配利润-100万元
对合并结果的理解：从一般常规来看，未分配利润-100万元的意义是未弥补亏损，但本例绝对不可能是未弥补的亏损，唯一可以理解的是利润超分配了，原因是：虽然甲公司投资收益是1000万元，但由于乙公司和丙公司也需利润分配，能够回报投资者的只有900万元，另外100万元不会再分给投资者，而甲公司以1000万元作为分配基数，明显超分配了。假设这三家公司的一切经营活动都是通过货币资金进行交易的，那甲公司对外超分配就更显而易见。如果企业分配利润时都保留部分不作分配，那这种超利润分配就隐藏在未分配利润里，会使报表使用者对报表的理解产生误差，因此必须对未分配利润作出详细说明。
根据合并会计报表原理，合并报表是把合并范围内的企业(即企业集团)看作一个整体对

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