发展农民专业合作经济组织，确实是实现农业增效、农民增收的有效途径。但它毕竟处于起步阶段，存在的主要问题是法律地位不明确，从而造成其注册登记难、银行贷款难等一系列问题。此外，资金不足、组织规模较小、带动力有限、运行机制不健全、内部管理不规范等，也是较普遍的问题。
国家应加快制定《农民专业合作经济组织促进法》，确立农民专业合作经济组织的法人地位，使其获得民事主体资格。在《促进法》中，建议把农民专业合作经济组织定位为“合作社法人”。它对外要追求利益最大化，对内则提供服务，不以营利为目的。在立法时，应遵循以下原则：一是坚持民办、民管、民受益的原则；二是要在稳定家庭承包经营体制的基础上，突出农民专业合作经济组织的特征；三是在分配方式上，坚持以交易量返利为主要方式；四是要明确农民专业合作经济与传统的集体所有制经济的区别。
政府应通过一系列政策和措施，对农民专业合作经济组织进行扶持。扶持的内容除了减免有关税收外，还包括：免费对合作组织成员进行各种培训并提供信息、技术等服务；在合作组织购买大型设备、兴办农产品批发市场和加工企业时，给予补助或贷款贴息的优惠；在全国建立起农产品运输的“绿色通道”等。
政府要鼓励不同形式的农民专业合作经济组织共同发展，并积极探索新的合作组织形式。我国各地经济、社会发展不平衡的现状，决定了农民专业合作组织形式的多样化。无论哪种形式，只要能够维护农民的利益，帮助农民增加收入，就应给予鼓励和支持，同时帮助它们明确内部产权关系和建立起合理的分配关系。LocALhOSt在发展农民专业合作经济组织时，一定要坚持民主、自愿的原则，不搞一刀切。政府可以选择一些有条件的地方开展试点工作，积累经验，探索适应我国农村的更加科学、合理、有效的农民专业合作经济组织形式。