自２００３年３月１日农村土地承包法实施以来，全国各地相继制定了农业承包合同管理条例、农村土地承包管理条例、土地承包合同管理办法等地方性配套法规，并依照法律、法规进行了第二轮土地承包工作。但仍有一些地方置广大农民切身利益于不顾，出现严重损害农民土地承包权现象，由此引发诸多新矛盾，致使土地承包纠纷案不断呈上升趋势。从近一年多来某基层法院５６起农村土地承包纠纷案件所反映的情况来看，主要存在以下几个方面的问题。
一、违法收回农户承包地。一些乡镇以划分“口粮田”、“责任田”、“经济高效田”为由强行收回承包地搞招标承包，用收回农民承包地的办法搞劳动力转移，抵偿农民以前拖欠的税收款。甚至出现在承包期限内无偿收回出嫁女、丧偶另嫁妇女的责任田现象。
二、违法调整农户承包地。一些地方政府在农民的承包期限内用行政指令的办法，硬性规定在某乡镇范围内几年重新调整一次承包地，不落实第二轮承包政策。调整后的土地仍不与农户签订土地延包３０年的承包合同，使土地承包变得随意。
三、利用职权变更、解除土地承包合同。集体经济组织不与农户签订承包合同，不发放农村土地承包经营权证书。有些乡、村长期以来拒绝与农户签订土地承包合同，以便在负责人换届时变更或解除承包合同，致使农户承包地块频繁更迭，矛盾纠纷不断增加。
四、强迫承包方流转土地承包经营权。不少乡镇政府或村民组织以搞“工业园区”、“高效农业示范区”为名出面租赁农户承包地，再进行转租或发包。或假借集体经济组织中少数服从多数，强迫承包户放弃或变更土地承包经营权而进行土地出租、竞标发包。LocalHoST
五、违法发包农村土地。未经集体经济组织成员的村民合议三分之二以上成员，或三分之二以上村民代表的同意擅自将农村土地发包给本集体经济组织以外的单位或个人，甚至利用预留的土地，长期用于对外发包，搞不正当竞包，侵吞土地发包收入，泄露土地承包招标秘密。
上述问题的严重存在，已成为影响社会稳定的重要不安定因素，也成为当前农村土地承包纠纷逐渐增多的直接诱发因素。究其成因，主要表现为：
一、法律、法规贯彻不到位。农村土地承包法、《农村土地承包经营权证管理办法》等法律、法规公布实施后，多数农民对其内容不甚了解，甚至对自己的土地承包期限可延续３０年也不知晓，更不了解土地承包经营权证是何内容。给乡镇、村民组违法收回、调整承包地，强迫或阻碍流转承包地留下可乘之机。使干涉生产经营自主权事例时有发生。
二、乡、村财政枯竭，部分领导片面追求政绩。由于乡、村机构膨胀，财政供养人员逐年增多，加上农村修桥、筑路、建校等公共设施投入，使大多数乡村财政空转运行，为保障日常开支，搞出租、竞标发包农民承包的土地，成为其“第二财政”。甚至为了出政绩，以发展当地经济建设为由，盲目设立各种“工业区”、“高效农业区”等占有农民的土地。
三、部分村干部以权谋私现象严重。农村土地管理法明文规定，农村机动地面积比例不准超过耕地总面积的５％，而个别村的机动地比例高达２０％。大量土地成为村里的私有财产，村干部随意发包、私下转让、出租。过多的机动地成为不少村干部以权谋私的“财富”。
四、监管不力、调处不作为、司法救济不足。行政机关及职能部门发现侵害农民土地使用权问题，该查处的不查处，村民调解委员会该调解的不调解，农村土地承包仲裁机构该仲裁的不仲裁。有的是村民与集体经济组织间的争议，不属于平等主体间的民事法律关系，不属于人民法院直接受理范围。也有的却因双方无合同无法受理。使得侵害农民土地承包权的现象越来越多。
党中央、国务院十分重视“三农”问题，要求各级政府都要把维护农民的切身利益放在首位，切实解决广大农村中所出现的“三农”问题。