对新型农村合作医疗基金专项审计中重点突出如下几方面：一是为有效地提高管理效益，增强合作医疗本身的抗风险能力，更好地保障农民的基本医疗，减少浪费，加强对新型农村合作医疗管理机构的审计监督；二是为维持合作医疗费用的收支平衡，减少不合理医疗开支，真正保障合作医疗参加者的基本医疗需要，加强对合作医疗卫生服务单位的审计监督；三是加强对新型农村合作医疗参加者的审计监督，主要是抽查是否存在多检查、多开药、滥用高精尖设备检查、与乱用非基本药物及是否存在为他人开药和借证他人就诊等行为。结合当前的实际情况，其具体审计内容笔者认为有如下一些：
1中央补助资金申报情况。主要依据参加新型农村合作医疗农民个人缴费金额，对地方政府申报报表进行审查，看有无虚报参合农民人数骗取中央资金问题。
2中央和地方各级政府补助资金到位情况。目前我县各级补助资金分别为中央财政40元/人，省财政37元/人，县财政3元/人。主要审查地方各级政府拨款文件和资金到账情况，看是否按时足额到位。尤其审查清地方各级政府补助资金的来源渠道，看有无挤占挪用其他项目财政资金和虚假配套问题。
3乡镇政府代收农民缴费情况。参保农民每年缴纳一定资金作为合作自缴资金，由乡镇政府组织有关人员代收，统一交乡镇财政所，开具专用收据，并汇总上缴县财政专户。主要审查其是否按时足额上缴，有无截留挪用或滞留资金。
4银行账户开设和资金存储情况。设立合作医疗基金专用账户，切实做到合作医疗基金专户储存、专账管理、专账专用、专人负责，确保基金的安全和公平、公正、合理使用。loCALHoSt目前合作医疗基金设立了两个账户，即：财政设立基金收入专户、农医局设立支出账户，前者主要负责基金筹集，后者主要负责基金开支。主要审查开户许可证、银行对账单和存款余额，看新型农村合作医疗基金专户是否开设在国有商业银行，有无将资金挪用、跨行存储和账账不符等问题。
5农村合作医疗机构设立、办公经费及人员经费列支情况。目前，我县农村合作医疗机构的工作经费来源有县财政按农业人口每人每年0.5元预算县农医局工作经费，各乡（镇）按农业人口每人每年1元标准筹集开展农村合作医疗的工作经费。主要查看县新型农村合作医疗基金管理中心编制批文，审查办公经费和人员工资等有无在农村合作医疗基金中列支问题。
6农村合作医疗基金支出情况。乡镇定点医疗机构、县级定点医疗机构、县外定点医疗机构和非定点医疗机构的起付线由原来的100元、200元、300元和300元分别调整到100元、300元、600元和800元。对参合农民在一年内患病住院医疗的，只计算其中最高级别医院的一次起付线。同级医疗机构只设立一个补偿比。乡镇定点医疗机构、县级定点医疗机构、县外定点医疗机构和县外非定点医疗机构的补偿比例由原来的50%、40%、30%和30%分别提高到70%、55%、40%和30%。住院平产补助由原来的乡级定点医疗机构、县级定点医疗机构补助200元、100元分别提高到300元、200元，县外医疗机构补助100元。住院补偿封顶线由原来的1.5万元提高到2万元，以当年内实际获得补偿金额累计计算。还有大病医疗费支付。对这些的审计主要是对照有关规定，看其是否有不符合规定支付。

7定点医疗机构收费情况。主要抽查参合农民住院记录（住院时间、住院检查治疗项目及收费标准、所用药品及收费价格等），看是否存在多计、重计住院次数；是否存在多检查、滥检查现象；是否存在过多使用农村合作医疗规定用药条目之外的药品（使得大部分费用需要农民自理，变相增加农民负担等）。重点对医疗机构的检查项目和药品价格进行审查，看检查项目和药品价格是否执行物价部门核定标准，是否存在提高收费标准和无依据乱收费等问题。
8农民参加合作医疗用药、检查情况。主要抽查是否存在多检查、滥检查现象，是否存在滥用药情况。此外审计时要注意外出人员参加农村合作医疗情况及是否存在非农人员参加农村合作医疗。
9乡镇卫生院医疗服务能力情况。主要调查乡镇卫生院医护人员年龄、知识、专业结构及大型医疗设备、医疗用房和住院床位等情况，对照《乡镇卫生院建设基本标准》，考核乡镇卫生院达标和医疗服务能力情况。
10农村合作医疗基金节超情况。将县财政局农村合作医疗资金专户与县新型农村合作医疗基金管理中心账目进行合并，计算当年农村合作医疗基金节超情况，分析查找节超金额偏大的主要原因，以便确定合理的补偿比例和进一步规范医疗机构的收费行为。
11风险基金建立情况。目前，我县风险基金按每年筹集额中大病统筹资金的3%划入，总额保持在年筹集10%左右。主要审查上缴方式及账务处理情况，看风险基金是否建立，上下级账面记载是否一致。
12农村合作医疗基金收支公示情况。主要查看县新型农村合作医疗基金管理中心是否将基金收支情况向社会公示，以保证参合农民的参与、知情和监督权利。
13农民对农村合作医疗制度满意情况。采取调查问卷方式，了解农民对农村合作医疗政策情况及对农村合作医疗制度满意情况。