伸服务代替税收执法，把纳税人应尽的义务转变为税收管理员的责任，把应该由纳税人主动申报的事项变成税收管理员的必要工作内容，加大了税收管理员工作量。三是部分考核指标不甚合理，片面追求各类考核指标的达标，加之税务系统内部各类检查、考核和地方评比的活动比较多，税收管理员有疲于应付的现象。
2.1.2纳税评估缺乏法律保障。目前纳税评估的依据是国家税务总局出台的 《纳税评估管理办法（试行）》，该办法仅仅是部门规章，并不是相关的法律法规，因此纳税评估目前并不是行政执法行为，而是行政事实行为。行政事实行为不具法律效力，如果相对人拒绝配合，行政主体不能进行强制。因此，在运用投入产出法进行纳税评估时，如果纳税人拒绝向税务机关提供有关涉税信息，纳税评估环节不能采取罚款、停供发票等强制手段，所以也就无法保证信息的获取。
2.1.3缺乏第三方信息。外部信息的获得要花费很大的成本。目前想要获得一个企业的国地税信息，银行资金的使用与信用，工商登记注册及处罚情况，海关记录，财政和公安信息及国外收入等相关信息并不是不可能，但是由于我国目前的税收、工商、海关、金融等机构之间尚未建立科学有效的信息共享与交流体系，所以要是获得纳税人的相关信息还是要花费一定的人力物力财力成本。尤其是对于跨国经营企业的国外经营收入等相关信息的获得并不十分容易。
2.2投入产出法应用中有适用前提。如果条件不具备，就无法运用该种方法。
2.2.1投入产出法比较适合对产品单一的工业企业的纳税评估。对于生产多种产品而会计核算健全的生产企业，由于每种产品对每种生产要素的消耗都可依据成本报表直接计算，因而也可以计算消耗系数与偏离系数；对于生产多种产品而会计核算不健全的生产企业，纳税评估人员则必须按一定的标准(如机器生产工时等)，对不同产品消耗的同一种生产要素进行成本分摊，然后计算企业的产品消耗系数和实施纳税评估。如果企业生产多种产品，应能区分不同生产环节或车间，否则，该种方法不能适用。
2.2.2投入产出法是在耗用数真实的情况下运用投入产出比来推测产量、销量和销售收入，以分析企业是否存在隐瞒销售收入的问题。但企业账面的耗用数真实与否难以监控。如农副产品收购、废旧物资收购企业购销存的真实性和准确度很低，由于农产品和废旧物资收购发票供应和管理方式的局限，纳税人自开自抵，随意性强，虚开农产品收购发票现象严重。企业账外经营手法多样，隐蔽性较强，很难运用投入产出法发现线索。
2.2.3行业均值可比性不强。现行的纳税评估指标体系是确定行业内平均值，实际上是企业真实纳税标准的一种假设，这一假设的合理性尚值得研究和探讨。一般这种评估指标的测算结果都直接与行业正常值进行比较，也就是说该企业被测算的指标只要处于正常值的合理变动幅度内，就被认为已真实申报，实际上，评估对象的规模大小，企业产品类似多少等因素都对“行业峰值”产生较大影响。另外，单凭评估指标测算和评价很难合理确定申报的合法性和真实性，企业还经常受到所处的环境、面临的风险、资金的流向等诸多因素的影响。尤其需要指出的是，目前纳税人大量存在账外销售现象，申报信息没有完整真实地体现纳税人的实际经营状况。同行业信息的获得要依赖国内国际完善的市场体系，完善的信息资源，才能提供有参考价值的信息。目前我国国内的很多同类行业内部发展参差不齐，行业价格，成本等重要的信息也无法做到能够科学全面反映整个行业的情况。所以，在纳税评估上采用此类指标有时候难免有所偏颇。
2.2.4测算分析结果不能直接作为补税依据。运用投入产出法测算分析的结果，还只能作为疑点，必须深入调查，从企业仓库保管、库存明细账目、辅助材料、包装物耗用等多方面印证、分析，查找线索。而且应充分考虑企业生产设备、生产工艺、工人熟练程度等因素的影响。如运用设备生产能力模型测算时应注意正确区分设备的规格、型号、数量和生产能力，而且设备生产能力一般有幅度，要结合企业实际情况进行掌握。
2.3纳税评估人员综合素质不高。纳税评估需要高素质的评估人员。运用投入产出法评估，不但要求评估人员掌握税收业务知识、财务会计知识、法律知识、计算机应用基础知识，而且还要了解企业的生产经营全貌及纳税人的详细情况和特点，掌握审核、评析、测算、取证、质询的全部技能，但目前符合上述条件的干部在数量上还不能满足纳税评估的需要，纳税评估尚停在表层的分析，为评估而评估，工作基本处于应付状态，因而使纳税评估显效缓慢。
3.投入产出法在纳税评估中应用的对策研究
3.1明确纳税评估的法律地位。税务管理工作涉及到社会经济领域的方方面面，纳税评估作为税务管理工作的一部分，其本身的法律地位问题及其涉及到社会经济领域的法制体系完善问题，都将影响纳税评估工作的质量和效率。
3.1.1完善《税收征管法》。纳税评估属于税收征管的重要环节，但是在目前的《税收征收管理法》和实施细则中并没有相关的规定。目前纳税评估的依据是国家税务总局出台的《纳税评估管理办法（试行）》，虽然较为详细地规定了纳税评估的相关内容，但是还不能称其为法律，因为该办法仅仅是国税发文件，属于部门规章。它同法律、法规相比，在地位上就稍逊一筹。但是就我国目前的纳税评估体系状况而言，将纳税评估体系的相关内容，写入《税收征收管理办法》以明确其法律地位成为必需。

3.1.2完善相关法律法规。纳税评估不是一项孤立的工作，它不仅涉及税务系统内的多项工作内容，还涉及到社会生活中其他行业的方方面面。因此，其它方面的法律的完善，对于完善我国的纳税评估体系也是非常必要的。一是完善《会计法》以规范会计行为，提高会计信息的质量。二是完善《合同法》，使经济合同成为比较科学准确的涉税信息，为纳税评估工作顺利开展提供有力的条件。三是完善和发展纳税人、政

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