存在着差异。 首先，司法会计鉴定结论具有较强的针对性，只能对司法机关提请鉴定的财务会计问题表达结论性意见；审计结论则应当依据审计准则和审计结果，由审计人员决定结论所涉及的范围。例如：对少计收入通常会对企业的收入额、应纳流转税额、利润额、应纳所得税额、所有者权益等财务指标造成影响。如果少计收入事项已被鉴定人确认，而司法机关提请鉴定的系收入额问题，司法会计鉴定人只认定少计收入对收入额的影响，对其他财务指标的影响则不予回答；依次论推，只有司法机关提请鉴定的系所有者权益问题，司法会计鉴定人则需要认定少计收入对各相关财务指标的影响。但审计人员在发现少计收入的事实后，通常需要就少计收入对各相关财务指标的影响提出审计意见。 其次，司法会计鉴定结论必须回答鉴定问题，审计结论可以提出问题而不与回答。 第三，司法会计鉴定结论不能针对会计机构提出要求或建议，但审计结论可以对会计机构提出调整账目、完善制度等要求或建议。 (5)工作结论的范围方面存在着差异。 首先，司法会计鉴定结论不允许表达涉及财务会计行为人主观心理状态问题，而审计结论有时则需要判断错误与舞弊，这必然涉及到行为人员主管心理状态。 其次，司法会计鉴定结论不允许表达建议性意见，审计结论则可以（或必须）提出纠正财务会计错误的建议或要求。 第三，司法会计鉴定结论不回答财务会计管理质量问题，审计结论则可以对被审计单位的财务会计管理质量和水平表达评价性意见。 (6)文书内容方面存在着差异。 司法会计鉴定书除需要表达检验结果外，还必须说明对结论的论证过程，审计报告书通常只要求说明审计的事实依据，无需说明结论的理由。

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