对于个体健康受害以及财产损害案件难以适用。
事实推定论在如何对待证据证明度的问题上，坚持以高度盖然性作为确定因果关系的依据，对被害人的救济是十分有益的。然而，采用这种方法对因果关系的认定带有很大程度的盖然性，有损于因果关系认定的严密性，而且，也给了被告排除和推翻因果关系存在的机会。再有，原告被减轻的举证负担在客观上究竟达到何种程度，无从明了，这就给法官很大的事实认定权，也为其滥用权力留下了缺口。
间接反证论有利于环境侵权受害人合法权益的保护，避免过分强调直接的因果关系而导致不可知论，也可避免使因果关系成为制裁致害者和保护受害者的人为障碍。从这一点来讲，其具有很强的科学性和实用性，在司法实践中也得到了广泛应用。但是，由于该理论对事实的认定比较含糊，也同样存在以推定代替实在的缺陷。
从上述分析可以看出，对因果关系进行推定的各种理论并非所谓学术流派的分歧与不同，而是针对具体案件所适用的不同的因果关系推定方法。也就是说，因果关系推定的方法是因具体案件的因果关系之复杂性与多样性之不同而有所不同，每一推定方法所适用的案件是有限的。因此，在确定环境侵权民事责任因果关系时不能单纯地采用一种方法，而应当根据具体案件有所选择。
二、我国环境侵权因果关系认定的现状
随着我国经济建设的不断发展，环境污染事件发生的频率越来越大，特别是直接危害人民群众生命健康的恶性污染事件不断增多。同时，由环境污染所引起的侵权案件也必然随之增加，因此对环境侵权因果关系的认定也变得尤为重要。
我国目前理论界有众多关于环境侵权的理论和思想，但在立法上规定得相当苍白。我国目前法律上对环境侵权的具体规定仅限于，我国《民法通则》第一百二十四条：违反国家保护环境防止污染规定，污染环境造成他人损害的，应当依法承担民事责任；《环境保护法》第四十一条规定：造成环境污染危害的，有责任排除危害，并对直接受到损害的单位或个人赔偿损失。
在司法实务上，关于环境侵权的认定主要是从四个方面进行：第一，行为人主观上实行无过错责任，即行为人的行为符合行政法律规范，如果造成污染损害后果的也要承担民事责任。第二，行为人有排污行为。第三，污染后果存在。第四，排污行为与污染后果之间存在因果关系。简言之即是在污染行为和损害后果之间只要有间接的因果关系即可推定因果关系的成立。对于环境侵权因果关系我国大致是采取间接因果关系，也就是理论界通称的因果关系推定。所谓因果关系推定是指对于某种表见事实发生损害，即推定损害与该事实的因果关系存在，受害人无需再证明其间的因果关系，即可对表见事实的行为请求损害赔偿，而行为人则必须反证证明其行为与该事实无关时，才能免责。
2001 年，最高人民法院《关于民事诉讼证据的的若干规定》规定：因环境污染引起的损害赔偿诉讼，由加害人就法律规定的免责事由及其行为与损害结果之间不存在因果关系承担证明责任，否则，即推定其加害行为与被害人损害结果之间存在因果关系。此种制度的理论依据就是因果关系推定。
然而,由于相关法律规定的欠缺,以及最高人民法院在《民事证据若干规定》中,实质上只规定了与日本“间接反证法”相似的因果关系推定法，所以，面对复杂多样的环境侵权纠纷事件的司法审判,难免会出现机械化套用和误用因果关系推定的情形。笔者认为,将因果关系推定的方法仅规定为一两种方式，不能适应当前环境侵权案件新形势需要,我们必须根据不同类型的环境侵权案件，确定和适用与之相应的不同的因果关系认定方法。
三、我国环境侵权因果关系认定制度的完善
1、立法上坚持保护受害人的原则
任何法律规定都有其特定的价值取向和目的,环境侵权的相关法律规定也不例外。在环境侵权危害中，同一危害后果可能不是由某个单一的加害行为引起的,污染物进入环境发生诸如毒理与病理转化、扩散、吸收等物理、化学或生物反应的过程相当复杂,甚至根据现有的科技水平也难以对有害物质的影响方式及其危害性有一个正确而全面的认识。④由于环境加害行为蕴含着复杂的专业知识,在对因果关系中的原因进行取证时需要相关的科技知识和仪器设备,这往往是受害人所不具备的。另外,在环境侵权中,加害人一般为具有一定经济、科技和信息实力的企业,而受害人则多为欠缺规避和抵抗能力的普通民众。加害人往往处于强势地位,他们手里往往掌握了造成环境损害的第一手资料,而加害人却通常会以企业秘密为借口拒绝向外界提供与污染和破坏有关的资料,这进一步加剧了对因果关系取证上的困难。

因此，为了保护受害人的利益,各国相继对环境侵权诉讼的举证原则进行了修正。在环境侵权方面,只要受害人提供了初步证据,证明自己受到的损害是由被告造成的,这时,举证责任就转移到了被告一方,这就是举证责任的转移原则。如果被告不能证明损害不是其造成的,那么就可推定被告的侵害与原告所受损害之间具有因果关系,被告应当承担民事责任。
2、根据环境侵权类型的不同，确定不同的因果关系认定方法
由司法判例提出并经学者引申总结的各种因果关系理论并不是理论上的流派之争,而是针对具体案件的适用而出现的。而从每一因果关系理论的产生和发展过程中我们可以看出,它们都是针对特殊情况而产生的。所以，因果关系的认定因具体案件的复杂性和特殊性而有所不同的,每一因果关系理论所适用的案件范围也是有限的。由环境侵权因果关系的特殊性决定，认定环境侵权案件的因果关系时，必须根据不同类型的案件,适用不同的推定方法。具体到我国的立法与司法实践，在明确了因果关系推定的原则下，我国可以最高人民法院发布案例对下级法院做示范指导方式，让进行具体案件审理的法院根据不同的背景、情况,灵活运用不同的因果关系推定理论。
(1)优势证据论的适用

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