1、与村民委员会的关系。村民委员会是基层的群众性组织，因此，必须尊重村民自治权，处理好代管与自治的关系。核算中心应与村委会签订代管委托协议，以明确双方的权利与义务，规范托管行为。
2、与民主理财小组的关系。民主理财小组代表村民行使监督权，但民主理财小组与村委会对某项支出合理与否认识不一致时，核算中心作为记帐机构行使的是会计职能，不宜做仲裁决定，因此需成立一个鉴定或评议机构解决财务纠纷，调解人员可由相关部门组成。
3、与审计监督的关系。在审计监督权未明确机构、职能之前，应由农业行政管理部门先行收回，决不能集会计监督与审计监督职能于一身，既做运动员又做裁判员。