2001年3月，九届全国人大四次会议通过的《国民企业高级管理人员、技术人员的工资报酬，充分体现他们的劳动价值，可以试行期权制。同时要建立严格的约束、监督和制裁制度。”这是我国首次以企业员工（包括中国境内有住所和无住所的员工）参与企业股票期权计划而取得的所得应缴纳个人所得税。《国家税务总局关于个人股票期权所得缴纳个人所得税有关问题的补充通知》（国税函［2006］902号文）又作了补充规定。结合以上两个文件，具体处理如下：
1.员工接受实施股票期权计划企业授予的股票期权时，除另有规定外，一般不作为应税所得征税。这里所说的获得股票期权时不作为应纳税所得的情况是指股票期权无市价，不可公开交易。
如果员工接受的是可公开交易的股票期权，也就是说这时股票期权有一个确定的市场价格，则属于财税［2005］35号文中“另有规定”的情形。根据《国家税务总局关于个人股票期权所得缴纳个人所得税有关问题的补充通知》（国税函［2006］902号文）规定，应按授权日股票期权的市场价格，作为员工授权日所在月份的工资薪金所得。如果员工以折价购入方式取得股票期权的，可以授权日股票期权的市场价格扣除折价购入股票期权时实际支付的价款后的余额，作为授权日所在月份的工资薪金所得。
2.行权日前转让股票期权。
如果员工在行权日之前将股票期权转让的，以股票期权的转让净收入，作为工资薪金所得征收个人所得税。这就是说如果员工是无偿获得股票期权，以股票期权转让收入作为工资薪金所得征收个税；如果员工以折价购入方式取得股票期权的，可以将股票期权转让收入扣除折价购入股票期权时实际支付的价款后的余额。LOcAlhOst作为股票期权的转让净收入，按股票期权形式的工资薪金征收个人所得税。
3.股票期权到期行权时。
股票期权到期行权时，其从企业取得股票的实际购买价（施权价）低于购买日公平市场价（指该股票当日的收盘价，下同）的差额，是因员工在企业的表现和业绩情况而取得的与任职、受雇有关的所得，应按“工资、薪金所得”适用的规定计算缴纳个人所得税。
4.行权后的股票再转让时。
员工将行权后的股票再转让时获得的高于购买日公平市场价的差额，是因个人在证券二级市场上转让股票等有价证券而获得的所得，应按照“财产转让所得”适用的征免规定计算缴纳个人所得税。同时，财税［2005］35号文明确规定：个人将行权后的境内上市公司股票再行转让而取得的所得，暂不征收个人所得税；个人转让境外上市公司的股票而取得的所得，应按税法的规定计算应纳税所得额和应纳税额，依法缴纳税款。
5.员工因拥有股权而参与企业税后利润分配取得的所得，应按照“利息、股息、红利所得”适用的规定计算缴纳个人所得税。