相对明确、功能相对完善的保税港区、综合保税区，我国保税体系的完善和发展不断攀上新台阶。截至2009年9月，我国已有保税区15家，出口加工区60家，保税物流园区9家，保税港区13家及综合保税区7家。其中，保税港区及综合保税区是2005年以来出现的新型保税区，叠加了保税区、出口加工区及保税物流园区的功能，具有外国货物贮藏、加工、制造、贸易、展示、中转等多项功能，是目前国内功能最齐全，开放程度最高的保税区，已成为各级地方政府争先申请的热门招牌。中日保税区域发展有先有后，种类互有不同，两者相异之处主要体现在以下方面：
首先，从立法规范方面看，日本保税区先立法、后设区。1954年，日本制定《关税法》，对不同种类的保税区做出明确规定后，日本保税区方才设立实施。中国则与之相反，尽管目前我国已设立多家不同种类的保税区域，各保税区域也相继出台了各自的管理办法及暂行条例，如《中华人民共和国海关保税港区管理暂行办法》，或针对保税区不同功能的管理办法，如《保税监管区域外汇管理办法》，但仍未出台一部具体指导保税区域全局发展的法律，在立法方面存在一定缺失。
其次，从申请手续方面看，日本除指定保税区需由财务大臣批准外，其余私有的许可保税区只需向海关申请，得到关税长的批准即可。满足条件的，获批时间上只需一个月左右。中国各类保税区域均为国家所有，是各级地方政府的政务行为，通常由希望设立保税区域的地方政府向海关总署提出申请，由海关总署会同国家发改委、商务部、财政部等十部委进行评估，合格后报国务院批准设立，前后往往需要一年左右甚至更长时间方可获批。
第三，从监管方面看，由于日本每一保税区面积很小，数量众多，点状分布，因此日本对保税区的监管采取按面积收取管理费、自主管理与不定时抽查相结合的方式，对违反规定的保税区根据《关税法》予以处罚及撤销。相对日本而言，中国保税区域数量不多，多为较大的整体区域，海关总署、检疫检验等机构通常分别在保税区域设立派出机构，集中进行监管。由于监管部门众多，一方面存在监管效率低下的问题，另一方面，对保税区出现的实际问题没有统一的处理标准，存在监管盲区。
第四，从优惠政策方面看，日本保税区均无优惠政策，运营资金也多以日本自有资金为主。中国的保税区域在税收、融资等多方面都设有诸多优惠政策，并且鼓励外资投入，积极吸引跨国公司入驻保税区域。
综上可见，我国今后应可从以下三个方面着手，深入推进我国保税区域的发展。
一是加快相关立法。现阶段，我国保税区缺乏整体发展规划，现有的针对各种类型保税区出台的行政规章，存在缺乏衔接、难以操作等问题，解决突发问题的标准不一、依据不足，特别是很多东部沿海城市保税区的设立存在功能重叠严重、内部竞争激烈等问题，需要从法律层面加以明确、规范发展。加快立法已是重中之重。
二是完善行政监管。宏观层面，我国保税区隶属海关总署，统称海关特殊监管区域，但运营中其他部委也参与监管，导致监管效率低下，存在监管盲区。而在微观层面，各类型保税区由所在地地方政府管理，园区管委会作为地方政府的派出机构，代表地方政府管理园区的行政事务，属于地方政府行为，这在客观上决定了区内行政管理的复杂性，也导致管理机构的管理权威较低。保税区完善监管已成当务之急。
三是战略实施转移。现阶段发展强势的保税港区和综合保税区大多分布在我国的东南沿海地区，当初设区主要目的是为了发展国际中转业务，但目前各港口国际中转业务发展较慢，实际主要发挥其“两头在外”的加工功能。近年来，产业转型升级方兴未艾，科技创新已成为我国东南沿海地区发展的新动力，简单的来料加工工业将逐渐退出发展舞台，加工贸易正在逐步向中西部地区转移，保税区域的历史使命正在发生历史性的变化。因此，今后保税区域的设立也应顺应我国对外贸易的发展形势，统筹考虑中西部内陆地区的战略布局，向中西部及边境地区推移，可考虑中部长江沿岸的中心城市及西部沿边地区，如已经在重庆建立的两路寸滩保税港区，既可以发挥保税区域促进加工贸易的功能，又有利于利用保税港区及综合保税区的辐射带动效应，带动周边经济的发展

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