企业内部的、跨越正式市场的以及非市场环境中的交易。例如，把企业定义为合同网络。第三层次是尝试通过引入交易费用慨念，将社会、政治规则和政治制度结构一同内生化。”
我们可以从经济学家对经济增长的关注的变化这一事例来看这二种方法论融合的历程。在1940--1950年代，经济学家视制度为既定，并认为经济增长是一种暂时现象，当时在经济增长的研究领域，只强调资本(一般用k表示)。到1950年代以后，经济学家已经不满足用资本聚集来解释经济增长过程，他们发现要素之间在有的情况下可以替代，如果要素价格发生变化，生产组织也会发生相应的变化，如引起企业组织形式的变更，企业是一种交易组织，交易组织在要素价格的相对变化下内生化了(此时经济增长模型由k、l、tec、sk等要素组成，在以前的模型上增加了三个要素，其中l代表劳动，tec代表技术，sk代表人力资本)。到1970年代，经济学家在研究发展中国家的经济增长时，通过实证得出结论：在一个毫无信任的地方，资本主义企业家不可能造就持续的经济增长，经济增长要f衣赖于支撑相互信任的有利的制度框架(这时经济增长模型的要素又增添了／1str，它代表制度)，也就是说包括产权制度在内的制度也被内在化了。经济增长是这多种要素相互作用的结果，经济增长的程度取决于各要素的相对价格与组织要素的交易费用。
美国经济学家诺斯也从制度变迁的角度重新考察了欧洲经济史，认为有效率的经济组织是经济增长的关键。一个有效率的经济组织在西欧的发展正是西方世界兴起的原因所在。而有效率的组织的产生需要在制度上做出安排和确立产权以便对人的经济活动造成一种激励效应，根据对交易费用的大小的比较使私人收益接近社会收益，使社会福利趋于极大l
交易费用概念的引入，使整体方法与个体方法经过彼此的渗透逐渐失去了独立性，并衍生出了一种新的方法论，即制度个人主义。LOCaLHoST这种制度个人主义．让整体中有个体，个体中有整体，个体与整体互相影响，变化的路径取决于边际价格。它不同于秩序一元观中的整体主义和个体主义，因为制度个人主义中有了和谐；它也不同于秩序二元观中的整体主义与个体主义，因为制度人主义通过内生化找到了社会演进的路径，而这是哈耶克所无法解决的。
新旧制度学派为了对现实世界更好地把握，在争鸣中互相吸收对方的方法论的长处，并催生了一种新的方法论。这种新的方法论不但在理论上能自圆其说，而且与现实的运行也相吻合。如果说旧制度经济学是对古典经济学的一次革命，新制度经济学是对新古典经济学的一次革命，那么，制度个人主义是对新旧制度经济学本身的革命。通过方法论的革命，克服了制度学派的方法论中的逻辑矛盾，为其对现实经济问题的解决提供了更强的解释力。