企业、高校、科研机构、政府和中介与服务机构为主要的创新主体，按照知识生产、孵化技术、技术扩散、技术使用为主线，不同创新主体之间在制度因素和治理安排的作用下，依靠各种创新资源(如资金、人才等)，借助各种创新条件(如基础设施、政策、企业、高校、科研机构等存在互动关系，带来知识、技术等资源的区际或国际流动，能促进区域经济和社会的发展。第三，区域创新系统是动态的系统，即系统的状态随时间不断发生变化。这种变化源于内部子系统之间、系统与外部经济区域间的相互作用。区域创新系统就是通过系统内各主体要素的相互联系、相互作用，并不断和系统外进行交流，实现系统向体系化、合理化方向发展并最终达到成熟状态。
依据上述指导思想，对区域创新系统可以分别从系统结构、系统对区域经济社会的贡献和系统的发展进程进行评价，即从区域创新子系统之间的协调性(harmony)、创新能力的有效性(efectiveness)和成熟度(maturity)个方面构建评价模型，具体的模型分析与评价有待另文探讨和研究。