小产权房是目前房地产市场上的一个怪胎，政府应本着公平、公正，照顾各方利益的原则，妥善处理小产权房。笔者建议，应根据不同情况分别作如下处理：
（一）谨慎拆除部分小产权房
对于非法占用基本农田保护耕地等情形，开发建设小产权房，后果严重的，可以强制拆除，以维护法律的严肃性，以儆效尤。作者认为，下列楼房可以考虑予以强制拆除：

（1）非法占用大量基本农田保护耕地，开发建设别墅，后果极其严重；
（2）危害国防安全；
（3）违反防洪、防汛等法律、行政法规禁止性规定，危害社会公共利益的。如，在河道内开发建设楼房、别墅等；
（4）违反文物、名胜古迹保护的法律、行政法规，非法开发建设楼房、别墅等。
但拆除的处理方式必须慎之又慎，特别是对于所建楼房已基本出售给购房者，如必须拆除，必须事先做好拆除后的各方工作，不能仅仅一拆了之，以避免因拆除而引发更多的纠纷和社会不安定因素。
（二）补办手续，核发不同的产权证
对于绝大多数已建成的小产权房，特别是已经出售给购房者，可以由法定的政府机关补发产权证，使小产权房合法化。但为区别于合法开发的商品房产权证，可根据不同情况，分别处理，核发不同的产权证。
核发产权证依法应补缴相关税金以及土地出让金。但如何补缴？这是解决小产权房最为关键、也是最困难的问题。笔者认为，我们应分清税金和土地出让金。对于开发企业依法应当缴纳的各项税金，如，企业所得税、营业税、城市维护建设税、土地增值税等等，负有纳税义务的纳税人，必须依法足额缴纳，违法严重者依法给与惩处。
对于土地出让金等费用，笔者认为，（1）原则上不由村或乡镇政府补缴该部分费金不妥当。理由是，首先，如果要求村或乡镇政府补缴，操作难度很大。小产权房一般并非由村委会或乡镇政府独资出资建设，往往是与开发商联合开发建设，按比例分成。如果强制村委会或乡镇政府缴纳土地出让金及相关费金，显然是一笔不小的资金。因此，村委会或乡镇政府获得的利益可能全部上缴国家，他们对此必将极大的抵触，不便于执行；其次，要求村或乡镇政府补缴土地出让金，村集体和农民的利益没有得到较好的保护，甚至受到了损害。一旦强制补缴土地出让金，导致村民钱地两空，势必失去生存能力；最后，集体在自己所有的土地上开发建设楼房出售，还要向国家缴纳土地出让金，有悖于法理和情理。而且，某些楼房是由当地村集体成员与集体之外的购房者混合购买居住。基于上述理由，土地出让金不宜由村或乡集体缴纳。（2）如果要求开放商缴纳，似乎也不现实。如此这样，将引发开发商与村委会或乡、镇政府之间不必要的纠纷。另外，个别开发商在将楼盘出售完毕后，或许已经解散，“人去楼空”，或者资金、财产全无，给执法工作带来很大的难度。因此，对于房地产开发公司而言，主要是要求其补缴各项税金，依法给与相应的处罚，追究相应的法律责任。
笔者认为，最好的处理方式可以分以下两种情况处理：
1、核发经济使用房产权证书或限价房产权证书
经过核实，符合经济适用房购房条件的购房者，发证机关直接核发经济适用房房屋所有权证书。符合限价房购房条件者，核发限价房所有权证书。对于该两种情况，购房条件、购房者未来转让时的转让条件等可适用经济适用房或限价房的相关规定。
2、核发特别房屋所有权证
对于不符合经济适用房或限价房的购房者，或不愿意补缴土地出让金的，核发特别房屋所有权证。持有该类房产证的购房者可以自己居住和继承。但是，房屋所有人未来再出售时，因受让人不同而区别对待：
（1）房屋所有人出售给政府。在出售给政府时，免缴相关税费、土地出让金等。价格可以按转让时当地市场价格一定比例核定。政府购买后，可以出售给符合购买经济适用房条件的人员，或者用于廉租房出租。
（2）出售给限定的受让人。即直接出售给符合购买经济适用房或者限价房条件的购房人员。在此情况下，由政府核定购买价格，如，可以按经济适用房价格或限价房价格出售，并根据情况相应地降低补缴或者免缴土地出让金及相关税费。是免还是减，应根据具体购房者的具体情况确定。当然，出售给政府与出售给限定人员之间的政策应当协调一致。
（3）出售给其他一般购房者。即购房者直接进入二手商品房市场，受让人为普通购房者，但在出让并办理过户手续时，必须补缴土地出让金和相关税费。此时补缴相关费金对于卖方来说并无付出多少，影响的仅仅是其利润而已。因为，从购房到其出售，整个房价可能已有较大的增值，这样出售房屋的原购房人，补缴相关土地出让金等并未增加其经济负担。补缴土地出让金及相关税费应根据转让时的市场及相关规定进行核定。
3、核发普通房屋产权证书。购房人在初次办理房屋所有权证时可以直接补缴土地出让金及相关税费，并取得普通房产证和土地使用权证书。取得该房产证的房屋所有权人相同于普通商品房的购房者，所有权人可以自己居住，也可以依法直接上市交易，受让人不受任何限制。
对于上述三种方式，购房者在办理产权证书时可以自愿选择。
五、对村集体和房地产开发单位的处罚
对于村委会或者村集体来说，不宜给与没收所得、罚款等经济处罚。理由是：（1）如果对村委会或者村集体给与经济处罚，包括没收售房所得、罚款等，事实上是对农民给与处罚，农民是经济处罚的最终承担者，如此这样不符合维护农民利益原则。（2）更重要的是，他们已经失去了土地，如果再对他们进行经济处罚，农民将最终一无所获，失去了生存或生活保障，这样不但给社会和国家带来很大的社会负担，而且将引发和激化社会矛盾。（3）某些村集体对开发建设小产权房，对本集体成员采用股份制。村委会售房后，所得的款项可能已根据股份向本集体的成员分发该售房利润。如果没收售房款，无疑要求分得利润的成员退还所得利益，这样做实践中很难行得通。（4）社会

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