利益矛盾和利益冲突。从欧盟的生态补偿政策来看，其对于不同的生态保护和恢复措施、不同生态保护区域的环境条件等分别采用了不同的补偿标准。这种差别补偿政策，既在整体上减轻了政府和其他主体的经济压力，又切实地达到了补偿的目的，对我国生态功能区补偿制度的制定具有较大的借鉴意义。
3．3健全生态补偿管理制度
从宏观上看，我们急需要建立生态补偿资金和物资筹集制度、生态补偿资金物资使用管理制度、生态补偿金融支持制度、生态补偿考评验收制度、生态补偿项目管理制度以及生态补偿公众参与制度等。从微观上看．首先应建立专门性管理机构，解决自然保护区管理机构多头而实际上无人能真正负责的局面其次，恰当处理自然保护区域地方政府之间的法律关系，在自然保护划定的同时．应明确自然保护区的内地方政府域自然保护区专门管理机构之间的指责权限，并制定相关的管理协调机制。这些制度的建立和实施，有赖于国家、地方政府对生态功能分区意义的充分理解和治理观念的重大转变，因此．在制度制定和实施中应做好充分的调研和宣传

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