仍存在以下问题：一些改制后的会计师事务所唯恐失去挂靠单位而减少客户源，与从前的挂靠单位仍存在一定的关联关系，挂靠单位也利用此种关系将其视为创收的渠道；一些会计师事务所在开拓业务时，利用利益关系与某些权力机构建立新的关联，逐步形成或巩固某一部门或地区的“势力范围”，这种审计市场的人为分割，严重侵蚀了注册会计师的独立性。（2）由于中国企业缺乏完善的法人治理结构，出现了委托者出钱委托注册会计师审计自己会计报表的现象，经营者由被审计人变成了审计委托人，由他们聘请注册会计师审计，并决定注册会计师的续聘、收费等事项。这种委托人与被审计人合二为一的状况打乱了审计关系三方有序的平衡关系，使注册会计师在审计关系中处于明显的被动地位，破坏了注册会计师审计的独立性。（3）由于目前市场经济的诚信机制尚未建立完善，尤其是缺乏政府监管者的诚信机制，出现了监管者本身利用行政权力划分注册会计师执业范围以及向注册会计师提出超出其职责的要求等现象，使得注册会计师的独立性受到行政权力的侵蚀。
2.注册会计师自律监管的弱化要求独立审计准则运用必须有相关法规制度的支持
虽然注册会计师行业强凋自律监管，但由于注册会计师协会始终在“半官半民”的狭缝中实施监管，缺乏强有力的法规制度支持，自律监管效率不高，致使一些注册会计师在对比审计质量屈从于审计需求所带来的收益和因审计质量受到惩罚的成本后，抱着侥幸的心理选择了审计质量屈从于审计需求以利于开拓业务的道路。因此，独立审计准则的运用必须具备一个相对完善和严厉的法律环境：（1）国家运用其掌握的权力，根据审计活动中的一般规律，强制性地把审计的原则、权力、责任、程序和方法固定下来，让从事审计活动的人去执行或遵循。这是国家强迫审计人员必须接受的最低行为标准，如达不到或违反这种最低行为标准，就被视为违法行为而受到严厉的惩罚。（2）用较高层次的法规制度明确审计报告的作用及其注册会计师的职责。
3.众多审计诉讼案件的出现要求注册会计师必须实质地运用独立审计准则
分析众多的审计诉讼事项，一些注册会计师直观地认为检查、监盘、函证等注册会计师常规审计取证方法在日益复杂和隐蔽性强的会计造假事件中失效了。于是产生了困惑：注册会计师如何取证才能控制审计风险呢？但深入分析，检查、监盘、函证等审计程序的失效，主要是由于注册会计师不适当地运用审计程序而引起的，而不是这些审计程序本身无效。因此，风险导向审计要求人们在获取审计证据时应当注意：
（1）注册会计师在获取审计证据时，不能机械地照搬独立审计准则中规定好的审计程序，而应当在了解和分析被审计单位基本面、经营面、市场面、行业面、政策面的基础上，根据被审计单位的具体情况，专业判断被审计单位的重点审计领域和风险点，实施针对性的审计程序。也就是说，注册会计师在形成审计工作底稿时，不能仅仅重视形成实质性测试的工作底稿，应当注意控制测试（了解测试和符合性测试），与实质性测试形成的审计工作底稿的内在逻辑关系，重视形成控制测试和分析性测试的工作底稿，以控制测试和分析性测试获取的线索证据，进行专业判断与分析，进而决定如何把有限的审计时间和精力集中在高风险领域，如何获取支持力较强的审计证据，有效地控制审计风险。
（2）对于被审计单位存在的重点审计领域或关键风险点，注册会计师应当综合利用各种审计程序，获取不同的审计证据，共同支持审计判断。
（3）注册会计师应当重视分析和评价获取的审计证据，并据此决定下一步的审计程序或直接得出审计结论。在审计实务中，一些注册会计师重视资料的收集和证据的获取，轻视对资料和证据的分析、归纳和判断，如在审计工作底稿中只有抄录被审计单位会计账簿及其索要相关资料的痕迹，缺乏审计轨迹和专业判断的记录，使得注册会计师通过审计测试获取了许多无效证据、低效证据，不仅浪费了审计成本，也加大了审计风险。因此，风险导向审计要求注册会计师对于获取的审计‘证据。必须进行评价和分析，去伪存真，判断已获取的证据是否充分适当，是否需要实施追加审计程序予以补充证据，否则，仅仅收集资料和获取证据不能称为真正意义上的“注册会计师审计”。
三、建立科学的独立审计准则运用体系
独立审计中的账项墓础审计和制度基础审计都存在着明显的不足：有限的审计资源被不恰当分配到低风险和高风险领域，造成低风险审计领域审计过量而高风险审计领域审计不足。而风险导向审计则提供了一种既能保持审计效果又能提高审计效率的审计思想：以分析、评价审计风险为基础，把有限的审计力量集中在高风险领域，以提高审计的效率和效果。目前，以风险导向审计思想建立中国独立审计准则运用体系的具体措施有：
（一）修订、完善注册会计师执业规范体系
注册会计师执业规范体系包括独立审计准则、质量控制准则、执业道德准则和职业后续教育准则，这些准则在制定和运用中应当相互协调、相辅相成。
1.引进风险导向审计的理念，不仅要修订“错误与舞弊准则”，还应当在逐步修订独立审计准则体系中的了解情况，确定风险——评价风险——针对风险，设计审计程序——进行审计测试，获取审计证据——评价审计证据——专业判断审计结论或审计意见等一系列的相关具体审计准则，逐步使注册会计师在审计实务中能够具有清晰的思路控制风险，在运用独立审计准则中更加深刻地理解风险导向审计的精髓。
2.引进风险导向审计的理念，完善制定质量控制准则的具体准则，指导会计师事务所从招聘人员、业务承接、工作委派、风险控制、向有关专家咨询以及对某一具体审计项目的指导、监督和复核实施全面控制，以保证独立审计准则得到有效地遵守和落实。
3.引进风险导向审计的理念，完善制定执业道德准则的具体准则，并利用注册会计师行业道德裁决解决注册会计师执业中遇到的与同行、与会计师事务所、与客户以及其他方面的道德冲突，强调注册会计师在独立性、专业胜任能力、收费、广告与招揽等方面的

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