1994年开始实行的分税制改革，经过10年的发展，显示出仍然存在着一些问题，最突出的就是导致了基层财政困难，和地区间差距的日益扩大。其中转移支付制度的薄弱和不规范则是导致地区间差距拉大的因素之一。目前改革的任务，除了缓解基层政府的收支矛盾外，更为重要的是构建一个具有自律机制的能有效运行的基层财政体制。
分税制导致的问题之一：基层政府财政陷入困境
1. 分税制使基层政府财源缩减，只能把筹资目光集中于农业
分税制改革中一项重要的制度变革，就是把一些原来由地方财政支配的收入划归中央政府所有，从而改变了地方财政收入的来源结构。在这一制度安排下，基层政府为了自身收入的稳定，就把筹集收入的关注点由1994年以前的偏向工业，部分地转向了农业。这种行为的改变具有一定的积极意义，特别是可以减少当时地方政府争投资、忙于上短线项目的短期化扭曲行为。
但是，规范的农业各税数量是有限的，规范的转移支付制度尚未健全，因此难以提供基层政府正常运转所需要的资金。特别是处于财政级次最低层的乡镇财政，在巨大的支出压力下，为了弥补财政收支缺口，不得不在制度外采取非规范的筹资行为，形成了“费大于税”的局面。
继之而来的农村税费改革，堵住了基层政府的乱收费渠道。农村税费改革的宗旨是对基层政府的收入来源，以及征集方式进行规范，同时降低农民负担。
取消农业税政策的出台，意味着因农村税费改革已经大大降低了的基层政府收入来源的进一步枯竭，使乡镇政府机关的运作只能依靠上级的转移支付。loCALhOst特别是对于以农业为主的地区，取消农业税对基层财政的影响很大。在一些以农业为主的区县，国、地税收入所占比重很低，农业税占到当地财政收入的1/3以上，有些县甚至高达70%-80%。调查显示，中西部贫困地区，一些镇的地税和国税收入占其财政总收入的比重只有5.5%。
2. 其它导致基层政府财政陷入困境的体制因素
（１） 过多的财政层次导致处于分税体制末端的基层财政收入来源有限。现行《预算法》含有一级政府一级财政的规定。1994年分税制改革，基本确立了中央和各省之间分税财政体制的基本框架，也决定了各省对下进行财力分配的资金总量。在中央与省，省与地市，地市与县，县与乡镇的财政关系中，基本是财力集中在上一级政府，支出放在下一级政府，这样的安排是符合公共财政理论的成本效益原则的。但是，过多的政府级次带来的中央与地方政府之间财政关系的复杂，导致了基层财政收入来源的不稳定。一方面导致基层政府缺乏自有的主体税种，另一方面给转移支付、特别是省以下的转移支付带来困难。
1994年的分税改革，允许省以下的财政体制随地区不同而存在差异，因此许多地区的基层财政体制是过去的财政包干制和现行的分税制的结合。省以下，特别是县乡两级处于政府级次的末端，转移支付链条过长，在经过了多级次财政的缺少透明度的转移后，尽管有专项拨款，到政府级次末端已所剩无几。
（２） 基层政府职能转换导致政府资金缺口加大。在财力集中的同时，按照公共财政框架的要求，基层政府职能逐步调整，县乡财政支出更多地集中在提供教育和行政事业费、基础设施建设等地方性公共物品开支部分。另外，省以下地方政府还要承担额外职责，如工资调整须由地方负担的部分等。职能范围的扩大加剧了基层政府的收支矛盾。
（３） 机构臃肿、冗员过多也是乡镇财政紧张的重要原因。虽然有关法律规定作为农村基层政府的乡镇政府，其机构不要求与上级政府的部门进行对口设置，但对乡镇政府机构设置的审批程序没有严格规定，造成机构设置随意性大，机构和人员不断膨胀。据国家统计局对1030个小城镇的调查，每个镇的机构一般都在30-40个，其中镇属机构的干部人数平均为158名，上级政府派出机构的干部人数为290名，每40个农民就养一个乡镇干部。减免农业税将会使农民负担有所减轻，但如果不能尽快解决基层政府的收入来源，政府机构维持不下去，农民负担还会反弹。
分税制导致的问题之二：区域间不平等
地区差距的存在，导致基层政府收入来源的不平等；在转移支付制度不规范的条件下，基层政府收入的不平等反过来又加剧了地区间的差距。基层政府收入不平等带来的重要危害之一，是导致了教育、公共卫生、基础设施等公*品供给的不平等。资料表明，东、中、西部地区政府在义务教育投入水平上存在严重差距，同时各省内的教育投入也存在不均衡。另有资料表明，中国的健康不平等也是地域性的，富裕省份的平均健康结果更好。
1. 转移支付制度存在的问题
分税制实施以来，中央财政已经具备充裕的财政自给能力，征收的收入除了满足本级支出外，有相当一部分可以用于对地方政府实施转移支付。虽然中央财政具备了向地方财政实施大规模转移支付的财力基础，但直至目前为止，转移支付仍存在很多问题：
（１） 均等化转移支付的总量仍然偏小。1995年实施的过渡期转移支付首次引入了因素分析法，利用公式计算中央对各省级政府的转移支付额度，但绝对数量十分有限。1995-1999年分别只占当年中央补助地方支出总额（财政口径，下同）的0.82%、1.27%、1.76%、1.81%和1.83%。2000年一般性转移支付额61.65亿元，加上民族政策优惠转移支付额23.8亿元，占全部中央财政对地方财政补助支出的1.83%。
省级、地市级财政对县乡财政的转移支付力度明显不足。据统计，全国县乡级财政供养人员占地方财政供养人员总数的约70%，但县乡财力却仅占全国地方财力的40%。不少县乡拖欠工资问题，不仅与其机构冗员有关，也是县乡财政困难的真实反映。
（２） 转移支付结构不尽合理，专项转移支付比重较大。虽然根据国际经验，专项转移支付对于实施中央政府特定政策目标、发挥中央财政宏观调控作用、引导地方合理配置资源、推动地方经济发展等方面，具

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