回顾历史，在农村双层经营体制形成以前，农村基本经营体制走过了一段曲折的道路。总体上看，遵循了马克思主义关于改造小农经济的理论，在土地改革后马上向合作化方向发展的做法是正确的，实现了土地公有制，在中国农村建立起社会主义的基本经济制度，有利于积累资金实现工业化，有利于推动农业现代化。但也存在所有制变革过快、推行平均主义、政社合一、排斥科学的经营管理制度等许多不足。农村双层经营体制符合我国农村生产力发展实际。
一、农村经营体制面临的现实问题
以家庭承包经营为基础、统分结合的农村双层经营体制，随着农村改革的深入和市场经济的发展，农业效益低下、农民增收缓慢、农村发展落后的问题日益突出，现行农村经营体制的内在缺陷和深层矛盾已逐步显现出来。
（一）家庭承包经营难以保持真正的“长期稳定”
“赋予农民长期而有保障的土地使用权”是家庭承包经营体制的核心内容，但从实际运行看，事实上农民的土地承包权“短期而不稳定”。这主要源于家庭承包经营体制有两大内在缺陷：“一是集体成员‘共同共有’的制度设计，无法屏蔽其他利益主体的侵害；二是集体内部成员边界不清，新增成员具有‘天赋资源权’，土地稳定与变更的矛盾始终存在”。
1．农村土地所有权主体虚置，随意干涉家庭承包经营权的现象比较突出。在家庭承包经营体制下，农村土地所有权归农民集体所有，农户以承包方式获得土地使用权。但是，农民集体究竟是个什么概念？到底由谁来代表农民集体行使土地所有权？法律和政策都没有给出明确的规定。LOcALHosT比如，《宪法》笼统界定为集体所有，《民法通则》规定为乡、村两级所有，《农业法》和《土地管理法》则规定为乡、村或村内集体经济组织所有，而《农村土地承包法》则规定为农民集体所有，由村集体经济组织或村民委员会承担发包任务。这就使人们对农村土地到底是谁的说不清楚。据不同系统的农村社会问卷调查，“农民中约有1/3的人认为‘土地是国家的’，说明一部分农民压根就没有把土地看成自己的（包括农民集体所有）”。从实际操作看，“集体所有”往往是由村民委员会来充当农村土地的实际“主体”，由于村民委员会拥有经济和组织资源权，在与农户家庭的利益博弈中具有明显优势，这就造成当乡村集体侵犯农户家庭承包权时，处于弱势地位的农户很难维护自身的正当权益。当前，我国农地利用中出现的承包期内频繁调整土地、行政手段干预土地流转、低价征用农地等问题，根源就在于农村土地所有权主体虚置。
2.家庭承包经营权不完整，农民的土地权益难以得到有效保障。家庭承包经营体制实现了土地所有权与使用权的分离，农户拥有了承包经营权，但农户的权利并不是充分和完备的，《农村土地承包法》对家庭土地承包权的性质仍然没有明确界定。中央财经领导小组办公室副主任陈锡文在2004年举办的“农村土地制度创新与农民组织发展”研讨会上提到这样一个问题：《农村土地承包法》在总则中的措辞是“土地使用权”，而在后面的所有条文用的都是“土地承包经营权”。他认为，“承包经营权”是一个政策语言而不是法律语言，农村土地承包权到底是什么权利，包括哪些内容，仍然需要澄清。同时，《农村土地承包法》对农民的土地权利也作了诸多限制。比如，土地不能进行抵押，土地流转附加了条件，级差收益受到了限制等，农民既缺乏捍卫自身土地权益的法律武器，也缺乏抵制侵犯自己利益的思想意识。近年来，全国范围的违法征地、乱占耕地现象之所以愈演愈烈，正是因为农民的家庭承包权不完整、缺乏相应的法律保护所造成的。据统计，“从1997年到2003年的7年间，我国耕地从19.5亿亩锐减到18.5亿亩，仅全国6015个各类开发区规划面积就达3.54万平方公里，相当于现在全国城市面积的总和”。
3.人地矛盾突出的现实压力导致土地调整频繁。目前，我国家庭承包经营体制基本采取按人头平均分配土地的办法。按照集体所有制的定义，集体成员对土地的权利是平等的，集体内的每一位成员都享有与生俱来的承包权。因此，土地使用权只能按人口平均分配到户。平均主义的分田原则不仅是静态的，而且是动态的，表现为不分老幼、不分什么时候，只要成为集体成员，都应分得一份承包土地。婚丧嫁娶、新生人口等不断形成调整承包地的内在压力，迫使不少地方不得不采取“三年小调整”、“五年大调整”的办法，不断重新分配承包地，“增人不增地，减人不减地”的规定很难得到认同和落实，这就使稳定土地承包关系成为一句空话。土地的重新调整不仅使土地经营规模更加细小和零碎，而且使农民失去了对承包土地的稳定预期，其直接后果是农地的地力不断下降。
（二）集体经营层次难以真正“统”起来
集体经营是为家庭经营提供产前、产中、产后服务的，是为了弥补家庭经营不足，把集体经济的优越性和家庭承包的积极性更好地结合起来。但在实践中，我们看到更多的是集体经营和家庭经营“两张皮”、相互脱节的问题。主要表现为：
1．集体经济空壳化，“统”的功能弱化。目前，我国农村许多地方的集体经济实力非常薄弱，甚至不少农村的集体经济已成为空壳，事实上只剩下了农户家庭经营这一个层次，集体经济组织无力承担“统”的功能。据农业部1998年对10个省、市调查的结果，“乡村两级高额负债非常普遍，乡级平均负债200万元，村级平均负债20万元”。随着农村税费改革的不断深入，特别是我国2006年取消农业税，集体经济收入将更少，村级负债将呈进一步增长的趋势。另外，在一些地方，仅有的集体经济不是集中在为农户提供产前、产中、产后的服务领域，而是集中在一部分土地（比如机动地）和资产上（比如以集体名义经营的乡村企业），由少数人承包经营，并以此作为集体经济的主要收入来源。
2.集体经济股份化，“统”的功能异化。为适应市场经济的发展，部分集体经济实力较强的地方对集体经济进行了改组改造，将原先服务集体成员的资产折股量化，并吸收社会资本加入，实际上已将集体经济组织改造成为了以

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