农村税费改革后乡镇教育附加、计划生育、军属优抚、道路维修及五保供养等费用由统筹费负担改为财政转移支付负担，村级收入减少，两税附加不足开支由财政转移支付弥补。如何管理农村税费改革的财政转移支付资金，笔者认为，要巩固改革成果，确保农村社会稳定，确保乡村两级机构正常运转，农村税费改革后，财政转移支付资金应做到“一核定、二明确、三统一、四把关”。
一、核定农村税费改革后财政转移支付资金基数
1、教育附加、计划生育、道路维修费用以2001年统筹费决算数为基数；
2、军属优抚、五保供养费用按当年实有人数据实按标准核定基数；
3、农村核定固定和变动基数，确定固定和变动比例。固定基数按照村级规模大小、地域面积、人口等因素核定，变动基数以该村农业税正税占全乡镇农业税正税的比重核定。
二、明确农村税费改革后财政转移支付资金的重要性和专用性
1、明确财政转移支付资金是国家稳定农业、农村、农民，支持和发展农村经济，减轻农民负担，确保农村长期稳定的重要举措。
2、明确财政转移支付资金是农村税费改革后乡村两级可用财力减少，确保教育经费正常投入，计划生育、道路维修等各项公益事业的正常开展，落实优抚政策，保证乡村两级机构正常运转，以及日常经费需要的专用资金。
三、统一资金管理，统一审批手续，统一结算程序
1、统一资金管理 财政转移支付资金实行报帐制，设立专户管理。
2、统一审批手续 财政转移支付资金由乡镇财政所拿出支付方案报政府审批，财政所按审批方案拨付到各单位和各村。LoCAlHOST
3、统一结算程序 财政预算总会计每月将财政转移支付资金拨入专户储存，教育、计生、道路、民政等部门及各村按转移支付方案每月定时到财政所报帐，凭相关手续划款。
四、报帐员、农税专管员、分管领导、主管领导把四关
1、教育、计生、道路、军属、五保等转移支付资金，由单位报帐员、分管领导审查、财经所审核、主管领导审批后按支付方案划拨。
2、农村转移支付资金由农税专管员、农税会计、农税主管负责人审核，财政所长审批后按支付方案划拨。