蛋白沉淀，目前还有许多问题没有解决，如沉淀后蛋白的溶解，特别是一些疏水蛋白、低丰度蛋白等不容易重溶，而它们可能是药物的靶向位点，或是肿瘤细胞的表面抗原，在疾病发生过程中发挥重要的作用[13]。肝癌样本中含有的脂肪、核酸和大量的盐分，影响等电聚焦。盐离子在水化过程中容易渗入胶条，使凝胶内产生不均一的电流分布，导致双向电泳结果出现条纹和不均一背景[14]。因此，必须采用蛋白沉淀的方法去除这些杂质，才能顺利地完成聚焦。目前， 已有不少有关样本沉淀的报道，最常使用丙酮沉淀法，TCA-丙酮沉淀法，和商业化的Cleaning-up kit来沉淀蛋白，但沉淀的效果如何，却没人做过系统的比较分析。本文将这三种沉淀方法都进行实验，TCA-丙酮沉淀法蛋白丢失较多，与它的作用原理有关。蛋白质在 pH 值小于等电点的环境中带上正电荷，与TCA的酸根结合生成不溶盐而沉淀，再用丙酮将酸根完全抽提，获得较纯的蛋白质样品[15]。因此它对碱性蛋白的富集效果较好，但对等电点小于溶液 pH 值的酸性蛋白富集效果差，有机溶剂的多次作用造成了蛋白质溶解性变差也加剧了蛋白质的丢失。图1B中用TCA-丙酮沉淀后酸端蛋白丢失很明显。

　　丙酮沉淀法是通过降低水的介电常数，破坏蛋白质胶体的水化层，形成沉淀析出[16]。但是， 蛋白质分子在常温或升温时立体结构展开，丙酮极容易与其中的色氨酸、酪氨酸等氨基酸进行疏水结合导致蛋白变性，因此整个沉淀过程应使用预冷的丙酮[17]。Cleaning-up 试剂盒是商家进行改良后的沉淀法，也获得了很好的电泳图谱，但相比之下，丙酮具有经济方便等优点，所以我们

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