高等企业单一的所有制结构，造成了严重的事企不分、所有者缺位、委托监督不力等问题。目前多数高校对各企业的管理是从经理的任命到公司人员的安排，从投资决策到经营手段都要干预。企业没有法人资格，校办产业不能独立承担民事责任，其财务风险实际上是由高校来承担的。
许多高校在承担财务风险的同时，对校办产业却疏于监督管理，相当数量的校办企业存在着财会制度不健全，审计监督不严格的现象。经营者权力膨胀，盲目决策、挥霍浪费、中饱私囊等问题时有发生。

二、高校财务风险的防范

（一）加大收入来源。
1.加大财政拨款。近年来虽然全国普通高等学校经费总额和预算内政府拨款绝对数都在逐年增长，但预算内政府拨款占高校企业和高校也可以通过产、学、研合作共建研发中心，在同一领域进行大联合，形成产、学、研合作中心，优势互补。在合作过程中使研究成果直接转化为生产力，各自获得收益。高校可以用该收益弥补教学经费的不足，同时高校利用研发中心作为学生的实习实践基地，也可以提升学生的实践动手能力和人才质量，加快科技向生产力转化的速度，使高校科研、产业成为经费来源的新渠道，利用高校办学资源，增加高校办学效益。
（二）建立财务风险预警系统。
1.强化预算约束管理。从制度上保证预算从编制、执行、调整的科学规范。细化学校预算编制、制定预算定额标准。从编制综合预算逐步延伸到经常性预算、采购预算、滚动项目预算。在对过去的支出效益与支出的合理性进行分析判断的基础上，对未来的支出需求做出预测，重新确定预算资金分配计划，使预算过程更加简捷和高效。lOCalHoST增强预算的严肃性、合理性和有效性，有利于控制各种随意性开支，遏制预算不断膨胀的恶性趋势。
2.设置相关量化指标。设置相关量化指标分析和评价学校办学资金使用的合理程度、财务管理水平和真实财力情况，及时揭示隐性问题，对潜在的财务状况风险及连带责任风险进行预警预报。如自有资金占年末存款的比重低于50%，应采取措施改变资金结构。校办产业和基建投资的负债率若大于100%，就意味着资不抵债，就可能影响学校的财务状况。
（三）建立高校的贷款监督机制。监督内容包括贷款额度、使用方向、使用效益等。学校对于贷款项目的论证必须实行“三公开”，即立项公开、论证公开、结果公开，自觉接受群众、银行、社会有关部门的监督，形成由主管部门牵头，社会、银行和广大教职工共同参与的监督机制。
（四）建立校办产业防火墙。校办产业作为学校产学研基地，科技创新转化为生产力的火车头，校办产业做大做强非常必要。同时必须建立校办产业防火墙，按照《公司法》规定，组建学校控股，独立承担民事责任和有限责任，独立法人、自负盈亏的有限公司，学校只承担出资额的有限责任，以规避经营风险。