【企业制度的初步建立，建立健全薪酬体系，改革原有体系中不适应企业中年薪制已逐步为高层经营者所接受，并散发着朝气和生命力，但年薪制也有其弊端。首先，经营者年薪标准的确立缺乏可比性和参照性;其次，大多数事业单位并不以或不完全以盈利为目的，因此年薪制的推行需要视具备情况而行。
(5)协议工资制通过建立特殊薪酬制度来向特殊人才予以倾斜，从而吸引人才、留住人才并发挥他们的作用。事业单位可以在与本人平等协商一致的原则下，明确岗位职责，兑现相关待遇。
(二)建立合理有效的薪酬增长机制及长效激励机制
应当建立一种只要员工的技术、能力有所提高，就可以获得相应的奖励的薪酬增长机制。在整体设计中，为员工建立一种有效、畅通的技能工资晋升通道可以向员工传达以绩效和能力为导向的单位文化，从而激励职工钻研业务，不断提高自身业务水平。可以以职工有形资产人股、无形资产人股、向技术骨干配股，或以股权、期权等多种分配模式使职工切实地参与到单位的管理中来，使职工关注单位的前途命运，使职工将自身利益、事业发展同单位的长效利益捆绑在一起，从而形成一股合力推动单位不断发展壮大。
(三)量化绩效考核体系
要以工作业绩作为发放薪酬的依据，需要有一套完整、合理的考核评价体系，这套系统要完整、程序必须规范，从而能够充分体现公平、公正的原则。通过确立工作目标、岗位描述、核定岗位职责，量化工作任务，定期对员工的成果、效率进行综合、客观地评价，并坚持以评价的结果作为对兑现奖金等薪酬中“活的部分”的依据，不搞平均主义，积极调动职工工作积极性。LoCalhosT
(四)注重精神奖励因素
按照新一代人力资源管理理念，薪酬除了经济报酬外，还被赋予了更为广泛、丰富的内涵及员工的个人成长、工作的挑战性、工作环境、在职培训等。这些内部激励因素的因子往往可以发挥更突出更强效的作用，但大多数事业单位往往忽略诸如成就感、尊重、个人发展、声誉等精神层面的奖励。古人云:“赏不当功，则不如无赏，罚不当罪，则不如无罚。”因此，设计制定相对合理、全面的薪酬体系，对于激励员工工作的主动性、积极性、增强责任心具有重要的实际意义。
(五)注重公平理论在事业单位薪酬管理中的体现
薪酬分配公平既要求过程公平，也要求结果公平。过程公平是指薪酬分配要公正合理，结果的公平又分为三个维度，即自我公平、外部公平、内部公平。自我公平是所得要与付出相匹配;外部公平是要求自己所得与外部单位相同岗位的平均报酬相当;内部公平是自己所得与公司内部相同贡献人的所得相当。薪酬管理的公平理念必须贯穿到整个薪酬体系中去，因此只有从整个体系人手，才能实现员工所共同认同的公平，才能使得员工对单位对组织有认同感、归属感、使命感，否则将会造成人才流失。
目前，随着事业单位人事制度改革的不断推进和深人，上海、深圳、江苏、浙江、广东等省市纷纷出台了相关指导意见，许多事业单位也逐步实行了以岗位绩效薪酬为主体、分级分类管理的薪酬制度，对优秀人才实行“一流人才，一流业绩，一流报酬”的分配原则。由于我国大多数的事业单位仍长期沿用原有的分配体制，因此在改革时，尤其是在触动职工个人利益的薪酬分配体制改革时必将遇到较大的挑战。但只要通过坚持不懈的努力，在事业单位中建立起科学合理的薪酬激励机制，一定能够充分发挥薪酬的最佳激励效果。