下几个值得注意的问题:
第一，授权性行政主体与相对方之间的权利义务关系问题。在正常情况下，医院与病人是一种平等、有偿的民事关系。但在抗击“非典”的特殊时期，基于传染病防治法的授权，医疗机构不再是一个纯粹的民事主体，它在传染病防治中恰恰是“授权行政主体”，它对“非典”病人及疑似病人拥有行政管理权，特别是实施紧急强制措施的权力。其次，在正常情况下，医生得治病，病人得付费，这是天经地义的关系。在防治传染病工作方面，医院负有不可推卸的管理职责。在“非典”时期，医院和病人间就不再是一个简单的收费关系。为此，中央已经强调，任何医院都不得因患者没有能力交费而拒之。这就提醒我们需对医患关系有个新认识，它们之间绝不是一个纯粹的民事关系。
第二，行政机关与广大群众的相互配合问题。为了有效防治“非典”，不仅需要政府、医疗保健部门依法尽责，同样需要广大群众依法配合行动，包括接受查询、检验、治疗、调查取证，乃至服从隔离等预防、控制措施。这不仅是一种社会公德，更是一项法律义务。抗击“非典”，政府、医疗机构以及公民之间，是一种互相支持、配合的关系，三者的合力，是夺取防疫胜利的强大力量。但其中政府职责占主导地位。
第三，公民合法权益的法律救济问题，如果有人对政府采取的抗击“非典”的强制措施不服，是否可以适用法律救济及适用什么法律救济呢?如果真的在这种“非常时期”提起这种“非常诉讼”，对于非常时期中的行政紧急强制措施的法律救济，该不该与对于一般行政强制措施的法律救济有所不同?
第四，行政主体与社会组织之间的关系问题中央及时地把防治“非典”向广大农村作为工作重点，各地农村的基层的自治组织也纷纷行动起来，形成了防治“非典”的铜墙铁壁。社会组织在现代社会管理中的作用越来越突出，这既是对民主的推动，其本身又是民主政治发展的结果。就我国大多数社会组织而言，都有程度不等的两重性，分门别类研究它们在现代社会管理中的作用是一个非常有意义的课题。既要充分认识它们在社会管理中的积极性参与和民主监督作用，也要防止其可能发生性质变异、滥用权力等问题。
(六)关于依法行政国际合作问题的思考
“非典”是跨国界的传染病，它不但是中国的灾害，也是人类的灾害，是一种全球性的公共卫生危机。在经济全球化的今天，抗击“非典”成为人类面临的共同挑战和任务。传统行政法被认为是“国内公法之一部分”，行政法的调整范围通常是限制在国界里边的，但现在情况发生了巨大变化。人类只有借助联合行动，才能赢得对付资源匾乏、环境污染、瘟疫流行等共同性问题。
二、相关问题的反思
经过了一场严峻考验，现在反过头来考虑，至少有以下问题值得注意:
(一)行政立法的不完善和滞后问题
从“非典”的防治过程来看，我国的行政立法存在许多真空地带，例如，我们上述内容提到的，中国还没有一项法律对行政协助的基本制度作出统一规定。再如，行政紧急强制行为的规定问题。传染病防治法为预防、控制和医治传染病设定了许多强制措施。像隔离治疗;控制传播措施;在指定场所进行医学观察;实施必要的卫生处理和预防措施;限制或者停止人群聚集;停工、停业、停课;临时征用房屋、交通工具;封闭公共饮用水源;宣布疫区和疫区封锁等等。值得注意的是，全国已有不少省市通过地方性法规和规章，规定了各地有关防治“非典”的强制措施，但地方性法规与地方政府规章在设定和规定行政紧急强制权方面有多大的权限，因我国没有行政强制法而出现法律真空。
由这次的“非典”疫情防治，可以看出，我国的行政立法是不完善的，而且，存在明显的立法滞后现象。等出现了问题再去立法，尽管是亡羊补牢，犹未为晚，但毕竟是使许多工作陷人被动，甚至会国家和人民的利益带来不利的影响。
(二)行政机关的工作态度与执政观念问题
行政机关应对自己在社会发展中的地位和作用有一个清醒的认识。经济发展是我们的第一要务，但是，我们不能只片面追求经济效益，片面追求经济发展的高指标。在搞好经济工作的同时，我们还应高度重视与经济发展密切相关的其他问题，如可持续发展问题、环保问题、公共卫生问题等等。不能错误地认为，公共卫生仅仅是医疗机构的事情。行政机关应当真正关心人民群众的疾苦，把“三个代表”落到实处。
这次的防治“非典”就说明，重大突发性公共卫生事件的处理，首先需要各级各类医疗保汪几构、卫生防疫机构按各自职责开展医治、防疫、保健工作;同时，与防治有关的食品、药品和水的管理，以及国境卫生检疫等工作，也须密切配合。所有这些方面，都必须由中央和各级政府统一组织实施。与此同时，政府还必须制定全面的防治规划。
一个人民喜欢和信赖的政府，首先应该有一个正确的、合乎民意的执政观念，其工作人员必须要有一个正确的工作态度。一个脱离群众、“以官为本”的政府和干部，是绝对不会合格的。关于执政观念和工作态度的研究，也是我国行政法研究的一个薄弱环节。这不仅是一个政治问题，它应该也是一个法律问题。这次“非典”疫情在刚开始的时候没有得到重视和有效的控制，也从反面说明了这一点。
(三)关于重大突发公共卫生事件的应急处理机制问题
自“非典”疫情爆发以后，中央以及地方各级政府采取了一系列果断措施，迅速纠正了有关地方和部门在疫情初期的工作失误，稳定了人心，遏制了疫情蔓延的凶猛势头，在这场抗击“非典”的特殊战斗中夺回了主动权。

应当指出的是，政府的一系列紧急措施，都是依据传染病防治法等有关法律法规而采取的，这已充分显示了法制在应对“非典”这样的重大突发公共安全事件方面的威力。当然，这次“非典”疫情也从某种程度上暴露出我们在重大突发公共卫生事件的应急处理机制方面的一些缺失与不足，比如，由于一些政府部门与广大民众危机意识的淡薄而导致的盲目与恐慌，由于条块分割、部门封锁而导致的失误与延迟，由于报喜不报忧的思维惯性而导致的早期信息未能及时公开，等等。

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